1.国家质检总局
根据《国务院关于国家工商行政管理局、新闻出版署、国家质量技术监督局、国家出入境检验检疫局机构调整的通知》(国发〔2001〕13号),国家质量技术监督局与国家出入境检验检疫局合并，组建中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局(正部级)。国家质量监督检验检疫总局(以下简称“国家质检总局”)是国务院主管全国质量、计量、出入境商品检验、出入境卫生检疫、出入境动植物检疫和认证认可、标准化等工作，并行使行政执法职能的直属机构。
按照国务院授权，将认证认可和标准化行政管理职能，分别交给国家质量监督检验检疫总局管理的中国国家认证认可监督管理委员会(中华人民共和国国家认证认可监督管理局)和中国国家标准化管理委员会(中华人民共和国国家标准化管理局)承担。
将原国家质量技术监督局负责的流通领域商品质量监督管理的职能划入国家工商行政管理总局。
2.国家认监委
为加强对全国认证认可工作的统一领导和监督管理，国务院决定组建中国国家认证认可监督管理委员会(中华人民共和国国家认证认可监督管理局),为国家质量监督检验检疫总局管理的事业单位。国家认证认可监督管理委员会是国务院授权的履行行政管理职能，统一管理、监督和综合协调全国认可工作的主管机构。
3.国家标准委
中国国家标准化管理委员会(中华人民共和国国家标准化管理局)为国家质量监督检验检疫总局管理的事业单位。国家标准化管理委员会是国务院授权履行行政管理职能，统一管理全国标准化工作的主管机构。
4.直属检验检疫机构
1999年6月25日，国务院办公厅印发中央机构编制委员会办公室、国家出入境检验检疫局拟定并经国务院批准的《全国各地出入境检验检疫机构组建方案》。根据国务院决定和《国务院办公厅关于印发国家出入境检验检疫局职能配置内设机构和人员编制规定的通告》规定，将国务院有关部门原设置在各地的出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验机构(以下简称“三检机构”)合并，组建为设置在各地的出入境检验检疫机构。
各地出入境检验检疫机构分为直属局和分支局的名称，统一为“中华人民共和国×××(地名)出入境检验检疫局”。全国共设置直属局35个，分支局300多个。
