由于国际货运代理的代理报关业务主要针对进出境货物，因此本节重点介绍进出境货物的报关程序。从海关对进出境货物监管的全过程来看，报关基本程序分为三大阶段，即前期阶段、进出境阶段和后续阶段。对于一般进出口货物，只有进出境阶段，没有前期阶段和后续阶段。
(一)前期阶段
前期阶段是指保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物、其他进出境货物的收发货人或其代理在货物进出境以前，向海关办理备案手续的过程。
1.保税加工货物
保税加工货物进口之前，应当办理加工贸易备案手续，申请建立加工贸易电子账册、电子手册或者申领加工贸易纸质手册。
2.特定减免税货物
特定减免税货物在进口之前，应当办理企业的减免税申请和申领减免税证明手续。
3.暂准进出境货物
暂准进出境货物的展览品实际进境之前，应当办理展览品进境备案申请手续。在国际展品物流中，货运代理需要注意办理这一手续。
4.其他进出境货物
其他进出境货物中的出料加工货物实际出境之前，应当办理出料加工的备案手续。
(二)进出境阶段
进出境阶段是一般进出口货物、保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物和其他进出境货物的收发货人或其代理，在货物进出境时向海关办理进出口申报、配合查验、缴纳税费、提取或装运货物等手续的过程。
1.进出口申报
进出口申报指进出口货物的收发货人或其代理在海关规定的期限内，按照海关规定的形式，向海关报告进出口货物的情况，提请海关按其申报的内容放行进出口货物的工作环节。
2.配合查验
配合查验指申报进出口货物经海关决定查验时，进出口货物收发货人或其代理到达查验现场，配合海关查验货物，按照海关要求搬移货物、开拆包装以及重新封装货物的工作环节。
3.缴纳税费
缴纳税费指进出口货物的收发货人或其代理接到海关发出的税费缴纳通知书后，在规定期限内，通过银行将有关税费款项缴入海关专门银行账户的工作环节。
4.提取或装运货物的手续
提取货物是指进口货物收货人或其代理人，在办理了进口申报、配合查验、缴纳税费等手续，海关决定放行后，凭海关加盖放行章的进口提货凭证或海关通过计算机发送的放行通知书提取进口货物的工作环节。
装运货物是指出口货物的发货人或其代理人，在办理了进口申报、配合查验、缴纳税费等手续，海关决定放行后，凭海关加盖放行章的出口装货凭证或海关通过计算机发送的放行通知书，通知港区、机场、车站及其他有关单位装运出口货物的工作环节。
(三)后续阶段
后续阶段是指保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物和部分其他进出境货物的收发货人或其代理，在货物进出境储存、加工、装配、使用、维修后，在规定的期限内，按照规定的要求，向海关办理上述货物核销、销案、申请解除监管等手续的过程。
1.保税货物
无论是保税加工货物还是保税物流货物，都应当在规定期限内办理申请核销的手续。
2.特定减免税货物
对于特定减免税货物，应当在海关监管期满，或在海关监管期内经海关批准出售、转让、退运、放弃并办妥有关手续后，向海关申请办理解除海关监管的手续。
3.暂准进出境货物
对于暂准进境货物，应当在暂准进境规定期限内或经海关批准延长期限内办理复运出境手续或正式进口手续，然后申请办理销案手续；对于暂准出境货物，应当在暂准出境规定期限内或经海关批准延长期限内，办理复运进境手续或正式出口手续，然后申请办理销案手续。
4.其他进出境货物
其他进出境货物中的出料加工货物、修理货物、部分租赁货物等应当在规定期限内办理销案手续。
