特殊通关程序是指诸如转关货物、过境货物、转运货物、通运货物、租赁贸易货物、寄售贸易货物、无代价抵偿货物、暂时进出境集装箱、进出境行邮物品，以及进口溢卸、误卸、短卸货物等所采用的通关程序。
限于篇幅，以下仅对转关货物、过境货物、转运货物、通运货物的通关程序予以简要介绍。
1.转关货物的报关
转关运输是指海关为加速口岸进出口货物的疏通，方便收、发货人办理海关手续，依照有关法规规定，允许海关监管货物由关境内设关地点转运到另一设关地点办理进出口海关手续的行为。进口转关货物的报关程序如下：
(1)进口货物的收货人或其代理人应自运输工具申报进境之日起14日内向进境地海关申报转关运输。
(2)申报货物转关运输时，进口货物的收货人或其代理人应填制《中华人民共和国海关进口转关运输货物申报单》,交数据录入中心录入海关计算机报关自动化系统，并打印成正式的《中华人民共和国海关进口转关运输货物申报单》一式三份。
(3)进口货物收货人或其代理人应如实向海关申报，并递交《中华人民共和国海关进口转关运输货物申报单》、指运地海关签发的《进口转关运输货物联系单》,随附有关批准证件和货运、商业单证。
(4)进口货物收货人或其代理人申请办理属于申领进口许可证的转关运输货物，应事先向指运地海关交验进口许可证，经审核后，由指运地海关核发进口转关运输货物联系单，由申请人带交进境地海关。
(5)进境地海关在接受进口货物收货人或其代理人申报递交的有关单证后，进行审核，核准后，需将上述有关单证制作关封交进口货物的收货人或其代理人。
(6)进口货物的收货人或其代理人要按海关指定的路线负责将进口货物在规定的时限内运到指运地海关，向指运地海关交验进境地海关签发的关封，并在货物运至指运地海关之日起14日内向指运地海关办理报关、纳税手续。
(7)指运地海关在办理了转关运输货物的进口手续后，按规定向进境地海关退寄回执，以示进口转关运输货物监管工作的完结。
出口转关货物的报关程序如下：
(1)出口货物的发货人或其代理人向启运地海关申报出口转关运输货物。
(2)出口货物的发货人或其代理人在申报前应填制《中华人民共和国海关出口转关运输货物申报单》、《中华人民共和国海关出口货物报关单》,交启运地数据录入中心录人海关计算机报关自动化系统，并打印成正式的《中华人民共和国海关出口转关运输货物申报单》和《中华人民共和国海关出口货物报关单》各一式三份。
(3)出口货物的发货人或其代理人应持《中华人民共和国海关出口转关运输货物申报单》、《中华人民共和国海关出口货物报关单》及随附有关货运、商业单证向启运地海关办理报关、纳税手续。
(4)启运地海关在办理出口货物的报关、纳税手续后，签发《出口转关运输货物联系单》并将上述有关单证制作关封交申请人带交出境地海关。
(5)出境地海关在货物出口后按规定向启运地海关退寄回执，以示出口转关运输货物监管工作的完结。
2.过境货物的报关
过境货物是指以某种运输工具从我国的境外启运，在我国边境不论换装运输工具与否，通过我国境内的陆路运输，继续运往境外其它国家的货物。
过境货物入境时，经营人应填写《过境货物入境报关单》向人境地海关申报，并提供过境货物运输单据，入境地海关核实后，在有关运单上加盖“海关监管货物”戳记，将一份过境货物入境报关单留存备案，另一份报关单和货物装载清单制作关封，连同运单交经营人。经营人或承运人应将入境地海关签发的关封完整及时地带交出境地海关。
3.转运货物的报关
转运货物是指以某一运输工具从我国境外启运，在我国境内设立海关的地点换装另一运输工具后，不经过我国境内陆路运输继续运往其它国家的货物。
载有转运货物的运输工具进境后，运输工具负责人应填写《外国货物转运准单》一式三份向海关申报，同时提交列明转运货物名称、数量、启运地和到达地等内容的进口载货清单。经海关核实后，转运货物在海关监管下换装运输工具在规定时间内出境。
4.通运货物的报关
通运货物是指以船舶或航空器装载从我国境外启运，经我国设立海关地点不换装运输工具，继续运往其他国家的货物。
装载有通运货物的运输工具到达我国第一个口岸办理国际运输工具进境申报手续时，运输工具负责人应在向海关申报的《国际航行船舶进口报告书》或《国际民航飞机进口舱单》上注明通运货物的名称、数量。海关对申报内容核实后，监管有关通运货物出境。
[实例分析] 上海公安局邀请境外一家无线电设备制造厂厂商到上海展览馆展出其价值100万美元的无线电设备，并委托上海某展览报关公司C办理相应手续。上海展出后又决定把其中的40万美元价值的设备运到杭州展出。设备从杭州返回后，上海公安局决定购买其中的20万美元设备。为了表示感谢，境外厂商向上海公安局赠送了5万美元的设备。其余设备退出境外。作为C公司的报关员应当办理哪些手续?
1.上海展出手续
(1)进境展览要由境内展出单位的上级主管部门审批。本案由上海公安局展出，故应由公安部或上海市人民政府审批。无线电设备要由无线电管理委员会审批，故还应取得其没有文号的批件。
(2)凭公安部或上海市政府批件、上海市无线电管理委员没有文号的批件、展品清单及其它展出资料到上海海关展览物品主管部门虹桥办事处备案。
(3)物品到港后，填写进口货物报关单，预录入，电子通关。
(4)向虹桥办事处交单：报关单，无管会批件、发票、装箱单、提货单。
(5)提供担保(保证金或保证函),取得海关盖了放行章的提货单。
(6)提货，在布置展出时，陪同海关查验，负责搬移货物、开拆包装、重封包装。
2.杭州展出手续
(1)凭杭州展出单位上级主管部门的批件、展出清单及其它资料到杭州海关备案。
(2)向杭州海关提前报关转关或向上海海关直接转关办理40万美元展品的转关运输手续。
(3)在杭州海关办理展出手续，闭馆后再以转关运输的方式转运至上海到虹桥办事处办理有关手续。
3.展品闭馆出境前的仓储手续
(1)对于留在上海的60万美元的展品，应向虹桥办事处办理进入公共型保税仓库的海关手续。
(2)对于从杭州运回的40万美元的展品也应向虹桥办事处办理进入公共型保税仓库的海关手续。
4.留购与赠送手续
(1)20万美元的留购展品
①如果C公司有进出口经营权，则可由C公司与参展商签订进口合同；如果C公司无进出口经营权，则应委托有关外贸公司签订进口合同。
②C公司填写进口报关单，预录入，电子通关，提供无管会有文号的批件和上海机电审查办的机电产品登记证明，以留购价作为完税价格缴纳进口税。
③凭已完税税款缴纳证和报关单，以及海关签章的出库单从公共型保税仓库提取20万美元的无线电设备。
(2)5万美元的赠送展品
①对于属于经贸往来无偿赠送的物品，应有上海市公安局上级主管部门审批，并办理有文号的无线电批件和机电审查批件，要照章纳税。
②凭上述3个批件办理报关手续，填写报关单，预录人，电子通关，按进口CIF价格作为完税价格缴纳进口税。
5.办理75万美元展品的出库离境报关
6.凭已办理海关手续的有关单证及担保收据向主管海关办理撤销担保手续
