如果我们来分析物流系统的基本特点就会发现其与环境的兼容性问题上存在几处明显的不和谐。下面我们来探讨五处基本的矛盾。
成本。物流业的目的就是为了降低成本，其中最显著的部分即为运输成本。另外还包括服务的信誉以及灵活度的时间成本和改善。涉及传统物流的公司非常期待可以具备在竞争的环境下削减运输成本的策略。在某些情况下，物流运营商所追求的削减成本的策略与环保考虑的诉求存在矛盾。环保方面的成本通常是外化的，这意味着用户将会从中受益。(如果利益沿着供应链共享则会最终由消费者享有)但是环境担负着更广泛的负担和成本。大到社会，小到个体都不愿意来承担这些成本，因此，各级政府和企业就不得以承担这些压力，他们的行动中也就更多地考虑到环保的需求。
时间/速度。在物流业中，时间就是竞争力。通过降低物流的时间，配送系统的速度将会得到提升，最终会使效率提高。这样的效果通常是通过污染最高、能耗最高的运输模式实现的。空运和卡车运输方式的快速增长部分取决于物流活动的时间限制之上。这种时间的限制往往是由于生产系统和零售部门日益增长的灵活性造成的。正因为如此，物流业才承诺提供基于即时生产(just-in-time(JIT))策略的门到门(door-to-door(DTD))的服务。其他的模式都无法有效满足此种情况下产生的客户需求。这将导致一种恶性循环，越多地利用DTD和JIT的策略就会更多地导致运输环节对环境造成的负面影响。
稳定性。物流业的核心即是强调提供稳定服务的重要性。其成功建立在以最小的破损或损害按时运送货物上。物流运营商为实现这些目标经常会采取他们认为最为稳定可靠的模式。在以按时配送，破损最小化和安全性为可靠标准的模式下，污染最小的模式是最不能保障这些标准的实现的。船运和铁路运输的客户满意度向来不佳，现代物流业基本上是建立在空运和公路运输之上的，而这两种模式又是最不具备环保性的模式。
仓储。物流是促进全球化和商业国际流通的一个重要因素。随着配送的速度和稳定性不断提升，现代物流经济中的库存不断减少，已无必要进行存放和储备。因此，对于仓储需求的减少是物流业的优点之一。这意味着库存在某种程度上转化成为运输体系的一部分，特别是公路运输的一部分。库存实际上一直处于运输之中，这依旧导致了拥堵和和污染。环境和社会，而非物流运营商，承担着外部成本。然而并非所有的部门都呈现出这种趋势。在某些经济部门，如电脑业，在生产过程中的纵向瓦解趋势日益明显。物流链中加入了额外的环节。承担某些组装工作的中间生产商加入到生产商和消费者之间。在辅助产品日益适应客户需求的同时，也在生产线内增加了产品额外的外部流动。
电子商务。信息爆炸导致了零售业的新维度。最富于活力的新市场就是电子商务领域。其所以取得目前的地位是因为它在供应商、生产线和货物承运者之间进行的数据互换整合了供应链。即使对于线上消费者也出现了无需货物流的交易(movement-free transaction)。线上配送的交易比其他的零售形式有可能会消耗更多的能源。诸如美国联合包裹递送(UPS)或者联邦快运(FederalExpress)类专门依赖公路运输和空运的货运快递公司从电子商务配送活动中受益匪浅。应用于物流业的与电子商务相关的信息技术势必会产生正面的影响，这也构成了另外一种矛盾。
尽管政府对于使用社会基础设施有着支付费用的规定，物流活动基本上规避了这些政策规定。环保政策的重点基本上是针对私人汽车的。例如：尾气排放控制、混合气体及其定价。尽管针对空运(噪音与排放)的控制日益加强，针对公路、铁路以及海运模式的控制却不强。例如，尽管柴油发动机对于环境的负面影响比较大，柴油燃料显然比汽油燃料要更加便宜。在二氧化氮的排放量上，每辆卡车每公里的平均排放量七倍于轿车，这个数字在颗粒物排放上则是17倍。在北美洲，公路运输都在试图规避其对于外部环境所造成的污染问题。
支撑众多物流体系的接驳中心系统在大规模占地上问题非常突出。机场、港口和火车站都是城市占地大户。对于很多机场和港口而言，单独开发的费用太高，各级政府的补助是必不可少的。港口巷道的挖掘，工地的补给以及施工的费用都很难完整地体现在使用者费用中。例如在美国，地方挖掘费用名义上取自港口建设税，然而这一行为却被判定为违宪；巷道维修处于美国陆军工程兵团的管辖权之下。在欧洲，中央政府和地方政府的财政补贴被应用于基础设施和上层建筑的补给之上。在接驳中心的建设问题上，物流业的行业趋势明显也并不绿色。
在避免涉及外部成本的同时，物流从业人员通常不会将绿色物流视为内化降低成本的手段。环保的首要诉求通常是降低包装费用和废弃物。以上的论证说明了物流业和环境之间的矛盾关系，即成本的降低并非必然导致其对环境产生负面效应。
