运输组织与管理是一个复杂的系统性工作，在对其进行合理组织过程中，必须按一定的工作程序进行。
1.货运市场分析
货运市场分析的目的是对企业在货运市场中的运量占有份额进行预测，以论证企业的阶段发展目标从市场角度看是否具有可行性，同时对实现企业目标所需要的运力、资金和人力的安排进行定量计划。
货运市场分析的结果就是制定出切实可行的企业运输量计划，它是企业最基本的工作。
2.营运分析
运输工具和港站设备营运的基础是运输量计划。企业的人、财、物必须保证满足执行运输计划的一切需要进行的安排和调度。营运分析的目的是对实现企业市场目标的实际能力(即企业现有运输工具、港站设施的拥有量、技术状况、利用效率等)进行分析和预测，以便进行生产资源计划和生产过程计划的设计。
3.成本分析
营运将消耗资源，产生成本。成本分析的目的一方面是进行资金预测，了解资金的需求趋势，分析投入产出比率，以及投资的利润率和使用资金的合理性；另一方面，通过成本分析，可以衡量企业资金的可用性，以控制资金投向和企业运营成本。
4.收益分析
收益分析的目的在于通过市场分析(需求分析)、营运分析和成本分析，对预期成本、期望收入和利润进行综合分析，进一步论证是否能够达到的企业的发展目标。
5.编制运输生产计划
通过市场分析、营运分析、成本分析和收益分析，最终制定运输工具和港站设备生产计划，即包括运力计划、装卸计划和设备(运输工具和装卸工具)利用效率计划。
随着营运方式的不同，其运输生产计划构成与制定也有所不同。定期运输是以预先公布的货运时刻表加以具体组织，在确定路线、制订货运时刻表时，必须对货运的流向、流量、港站情况等作充分的调查研究，在执行中还应根据货运量和港站、运输区域的季节变化，对运输工具的周期、密度和各港站的装载量、舱容的分配等作适当的调整。不定期运输的每一航次(运次、车次)的运行路线及时间，取决于货主的需要和货运市场的供求状况，因而计划的稳定性相对差些。
6.市场销售
为了确保货运计划的实现，还必须按照市场销售计划，积极开拓货运市场，组织货源，并受理货主的托运。
7.制定运输方案
所谓运输方案，就是对某一具体运输任务，根据运输组织原则制定的，据以完成这一运输任务的系统作业图标及有关条文。运输方案是具体运输任务的组织工作的依据和指导书。
运输方案属于作业计划的范畴，它应根据货主托运申请和运输生产计划等的要求，详细地制定出单船(车、机)航次(运次、车次、班次)运行计划。这一工作，对于定期经营方式的运输工作比较好做，因为对于每天运输的班次，到发时间、起讫地点、装卸车(机、船)组织工作等都比较有规律性，一般没有较大的变动。但对于不定期经营方式而言，相对比较复杂，一般需要每一次重新制订一套运输方案。
8.实施运输方案
通过企业调度机构和交通管理机构和一定的管理手段，以保证运输工作按预定的运输方案实施，并对于运输方案不能执行(比如，运输合同不能履行而导致其运输方案不能实施)时，要查明原因，进行处理。
9.效果评价与反馈
一个阶段过去后或在一次运输任务完成后，对营运计划、运输方案的执行情况进行评价，肯定成功之处，找出不足之处，总结经验教训，改进下一步的工作。
在以上各个步骤中，运输市场分析是以后各步工作的前提。货运生产计划是根据市场调查和预测的资料而制订的，是运输企业一定时期工作的蓝图，运输方案是货运生产计划的具体化，运输方案的实施是运输方案付诸实际的过程，也是对运输方案的检验过程，效果评价是对以前各步工作的总结评价，并对下一阶段的工作提供借鉴之处。在运输组织与管理工作中，上述步骤不断循环、不断提高，使运输组织工作不断完善。
