由于货种的特点，干散货码头在作业管理方面也存在一些特点。
1.劳动力配置特点
件杂货码头的所谓“三内”作业（舱内、车内、库内），迄今为止还很难完全摆脱人力操作，集装箱码头的集装箱装箱、掏箱作业，直接使用人力的也还很多，所以件杂货码头、集装箱码头对劳动力的直接依赖仍然存在，除了需要配备大量技能型、管理型劳动力外，还需要配备一定数量的体力型劳动力。
以前干散货装卸的清仓环节需要依靠人力进行，在这方面需要配备一定数量体力型劳动力，而现在大型干散货船舶的清仓作业都已采用机械进行^基本不再需要人力清仓，所以现在在大型干散货装卸码头，劳动力配置已基本不再需要体力型劳动力，而以技能型（作业设备司机、维修人员）和管理型（码头一线作业管理人员、中央控制室管理人员）劳动力为主。
2.环境保护
以前，干散货码头的粉尘污染一直是一个严重的环境问题，影响到码头和周边环境的保护、水资源的保护，甚至严重影响周边居民的生活，导致一些群体性事件的发生。
干散货码头粉尘污染防治比较传统的做法是喷水防尘和加盖防尘，这两种措施有不错的防尘效果，目前还在广泛使用，并且有所发展，如自动监测喷水（当煤炭堆场粉尘达到一定浓度时，防尘喷水系统会自动喷水除尘）、循环使用降尘的水资源等。但喷水和加盖防尘有它的缺陷，如喷水防尘可能改变铁矿石的含水量，降低其货物质量；煤炭、铁矿石堆场喷水防尘后，水流人地下，可能导致另一种污染等。而皮带机加盖后，会增加其维修、检查的困难。
近年来，干散货码头使用了大量新型的除尘设备，提高了除尘作业的技术含量，使除尘效果更好，导致二次污染和其他不良结果的可能性大幅下降。如在粉尘大量产生的部位（如皮带机的转接塔等）配置机械干式除尘设备，在散货堆场使用抑尘剂、防尘网、挡风网等，有效地增加了干散货码头防尘的手段和抑尘的效果。
3.计量
货物的交接计量也是干散货码头一个传统的难题。件杂货码头采用计件交接方式，比较简单，而干散货无法计数，膨大的体积，又难以称量，于是各个利益主体之间的计量交接，就成为一个难题。
干散货码头在船港交接时，传统使用水尺计量交接；在货物堆场，传统使用估堆进行计量。水尺交接存在很多问题，问题一：只要有波浪，水尺的准确读取就是一个难题；问题二：船舶上除了装载货物的变动会影响水尺变动，还有燃料、压舱水等的变动也会影响水尺变动，这样单看水尺的变动来对装船舶载货物进行计量，就有很多不准确的地方。堆场货物通过估堆进行计量，准确性更有问题。再有经验的库场管理人员，对一个千余吨的煤炭堆垛，估堆时发生5%的误差，应该在允许的范围内，但5%的误差，就要高达50吨。
现在干散货码头计量难题通过科技手段基本解决，所使用的主要是对重量的电子感应设备，大多可以进行动态感应，有皮带衡、轨道衡等。效率更高的是将装卸作业和计量同时完成，如在干散货装火车作业使用的“定量装车机”，不但能连续完成货物的火车装车作业，而且在装车的同时，还能自动计量。
