检验检疫局办理船舶进出境手续的法律依据主要是《中华人民共和国国境卫生检疫法》（以下简称《卫生检疫法》）及其实施细则、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》（以下简称《动植物检疫法》）及其实施条例、《国际卫生条例》、《国际航行船舶出人境检验检疫管理办法》（以下简称《船舶出入境检验检疫办法》）、《国际航行船舶试行电讯卫生检疫规定》（以下简称《船舶电讯卫生检疫规定》）和《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》（以下简称《国际航行船舶口岸检查办法》）。
其中《船舶出入境检验检疫办法》是最具体的主要法律依据，它是根据《卫生检疫法》及其实施细则、《动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例等法律、法规制定的，2002年12月19日国际质量监督检验检疫总局局务会议审议通过，2003年3月1日起施行。
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