对于国际物流成本的控制应从综合层面进行。国际物流成本的综合控制包括事前对物流成本进行预算制定，事中执行监督，事后进行信息反馈、偏差纠正等全过程的系统控制，以达到预期管理控制目标。综合控制有别于局部控制，具有系统性、综合性、战略性的特点，控制效率较高，其目标是局部控制的集成，实现企业物流成本最小化。物流成本的综合控制有下面两种方法。
（1）物流成本横向控制
物流成本横向控制是对物流成本进行预测和编制计划。物流成本预测须在编制物流计划之前进行。它是对本年度物流成本进行分析和充分挖掘降低物流成本潜力的基础上，寻求降低物流成本的有关技术经济措施，以保证物流成本计划的先进性和可靠性。
（2）物流成本纵向控制
运用线性规划、非线性规划制定最优运输计划。物流过程中碰到最多的是运输问题，如某产品现由某几个企业生产，又需供给某几个客户，怎样才能使企业生产的产品运到客户所在地时总运费最小？假定这种产品在企业中的生产成本为已知，从某企业到消费地的单位运费和运输距离以及各企业的生产能力和消费量都已确定，可用线性规划解决；假如企业的生产数量发生变化，生产费用函数是非线性的.应使用非线性规划来解决。
运用系统分析技术，选择货物最佳的配比和配送线路，实现货物配送优化。配送线路是指各送货车辆向各个客户送货时所要经过的路线，它的合理与否对配送速度、车辆的利用效率和配送费用都有直接影响。
运用存储论确定经济合理的库存量，实现存储优化。存储是物流系统的中心环节。物资从生产到客户之间需要经过几个阶段，几乎每一个阶段都需要存储，究竟在每个阶段库存量保持多少为合理？为了保证供给，需隔多长时间补充库存？一次进货多少才能达到费用最省的目的？这些是确定库存量的问题，可以在存储论中找到解决的方法，如经济订购批量模型。
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