不同的保税区，其业务操作流程、管理制度虽各有不同，但业务操作和管理的基本原则和基本规则是相同的，下面以上海外高桥保税区为例进行说明。
一、保税区的业务范围
保税区主要发展进出口贸易、转口贸易、加工贸易、货物储存、货物运输、商品展示、商品交易以及金融等业务。货物可以在保税区与境外之间自由出入，免征关税和进口环节税，免验许可证件，免于常规的海关监管手续，国家禁止进出口和特殊规定的货物除外。
二、保税区的管理与服务机构
（一）保税区管理委员会及其职责1.保税区管理委员会
上海外高桥保税区管理委员会（以下简称管委会）是市人民政府的派出机构，统一管理保税区的行政事务，实行独立核算的财政收支管理。管委会主任由市人民政府任命。
2.管委会的职责
（1）负责法律、法规和本条例在保税区的实施，制定和发布保税区的具体管理规定；
（2）制定保税区的发展规划和产业政策，经市人民政府批准后组织实施；
（3）负责保税区的计划、规划、国有资产、投资、对外经济贸易、财政、地方税务、统计、工商行政、公安、劳动人事、外事、运输、基础设施、土地房产、环境保护、环境卫生、公用事业等方面的管理工作；
（4）协调保税区内海关、国家税务、金融、商品检验等部门的工作；
（5）市人民政府授予的其他职权。
前款第（3）项行政管理工作中涉及核发证照的，由市有关主管部门委托管委会的相关行政管理部门办理。
（二）保税区海关
保税区海关对保税区实施特殊的监管方式：对保税区与境外之间进出的货物、物品以及保税区内流转的货物实行备案、稽核制度；对保税区与国内非保税区（以下简称非保税区）之间进出的货物、运输工具、物品实施常规的监督管理。
（三）港口管理机构
外高桥港区与保税区实行一体化管理，由港口管理机构负责港口管理。
（四）保税区开发公司
受管委会委托的保税区开发公司，应当承担保税区内的市政建设和管理，为保税区企业、机构提供服务。
（五）保税区服务机构
保税区可以依法设立报关、检验、劳务、公证、律师等机构，为保税区企业、机构提供服务。
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