依法把关保护我国人民健康、保护动植物生态和环境安全、保护国家经济利益是设立检验检疫机构的主要目的之一。检验检疫工作对国家和人民的利益是积极的，对单纯的港口物流也许未必全是积极的。进出境检验检疫工作是港口物流大链条中的重要一环，检验检疫工作与港口物流的很多环节息息相关。
首先，在交通运输工具方面，无论是船舶、飞机、火车，还是其他车辆，都是港口物流中的运输工具，都是使货物能够流动的基本因素和动力。对于交通运输工具，我国明确规定，属于法定应检物，均需实施进出境“检疫，未经许可，任何人不准上下交通工具，不准装卸行李、货物、邮包等物品。”“对来自检疫传染病疫区的、被检疫传染病污染的、发现有与人类健康有关的锯齿动物或者病媒昆虫的”进境交通工具“应当实施消毒、除鼠、除虫或者其他卫生处理”。来自动植物检疫疫区的船舶、飞机、火车必须实施检疫，发现有病虫害的，不准带离运输工具、除害、封存或者销毁处理，以防止人类传染病、动物传染病和寄生虫病、植物病虫传入或者传出，由此可见，交通运输工具作为港口物流所依赖的货物转移的动力，将受到法律的约束，使得货物流动的速度和运转的周期受到限制，并使费用增加。
其次，在货物及其包装物方面，我国法律、行政法规规定须经检验检疫机构检验的进出口商品，必须经过检验检疫机构检验，进出口商品未经检验的不准销售、使用；出口商品未经检验合格的不准出口。进境的动植物、动植物产品及其他检疫物，装载动植物、动植物产品或其他检疫物的装载容器、包装物，以及来自动植物疫区的运输工具，应依法实施检验。因此，国际流动的货物将受到很大的约束和限制，包括对货物的品质、规格、包装、性能、数量、重量等进行检验，对人类健康、畜牧或野生动物、国家植被、农副产品可能产生疾病或危害的货物进行进境审批，实施检疫措施并予以消毒、除虫、灭鼠和卫生除害处理或退运、销毁。因此而产生的仓储、倒垛、掏箱、抽样等一系列环节，使货物的流动停滞或延缓，使费用增加。
再次，在集装箱方面，集装箱是国际货物的运输工具，是保证货物安全、卫生，防止货损的一道屏障，而集装箱密封程度的鉴定，货损鉴定，海损鉴定，拆、装箱鉴定，卫生状况以及携带或藏匿锯齿动物、病媒昆虫动植物病虫害等检疫查验工作，将对货物流通起到把关作用，无形中停滞了集装箱与货物的流转。
最后，在口岸、码头及仓储方面，《中华人民共和国进出境动植物检疫法》规定：“根据检疫需要，进入有关生产、仓库等场所进行疫情监测、调査和检疫监督管理”，并明确要求“可在机场、港口、车站、仓库、加工厂、农场等生产、加工、存放进出境动植物产品和其他检疫物的场所实施动植物疫情监测，有关部门应当配合”。当发生重大动植物疫情、人类传染病疫情时，国务院可以下令封锁国境口岸或采取其他紧急控制措施。《国境卫生检疫法》规定：“国境卫生检疫机关根据国家的卫生标准，对国境口岸的卫生状况和停留在国境口岸的进境、出境的交通工具的卫生状况实施卫生监督。”“国境口岸有关部门应当采取切实可行的措施,控制锯齿动物、病媒昆虫，使其数量较低到不足为害的程度。仓库、货场必须具有防鼠设施。”由此可见，货物的装卸、堆放、运输、储存等各个环节均与检验检疫业务有着密切关系，检验检疫影响着货物中转的速度、储存的质量、卫生与安全。因此，作为港口物流的中继站或停经处的国境口岸、码头、仓库均随时受到进出境检验检疫的监督与监管。
此外，交通工具的承运人、承租人或代理人，货物的收货人或代理人，集装箱的所有人或租赁人对检验检疫工作的熟悉程度和双方配合的默契程度，也可能会影响物流的流畅程度与速度。
