第三方物流确实能给用户带来多方面的利益，但这并不意味着物流外包就是所有用户的最佳选择。事实上，第三方物流也不可避免地存在着一些负面效应。
(1)可能导致企业对物流的控制能力降低
在采用物流外包的情况下，由于第三方物流提供商介入企业的采购、生产、分销、售后服务等各个环节，成为企业的物流管理者，这使得企业自身对物流的控制力下降，在双方协调出现问题的情况下，则可能会出现物流失控的风险a即第三方物流服务商不能完全理解并按照企业的要求来完成物流业务，从而使企业的客户服务水平降低。此外，原来由企业内部沟通来解决的问题，在外包的情况下由于外部服务商的存在，容易产生企业内相互推诿的局面，影响物流的效率。
(2)客户关系管理的风险
在第三方物流服务的合作中,直接面对企业客户的往往是第三方物流服务商;同时他们通常也拥有全面的客户信息，甚至包括潜在客户的信息。因此,在客户关系的管理中，至少存在着下列两类风险:一是企业与客户之间的关系被削弱。由于生产企业是通过第三方来完成产品的配送及售后服务工作的，同客户直接接触、观察客户反应和听取客户意见的机会就会减少，这对建立稳定密切的客户关系是非常不利的。二是客户信息有被泄露的风险。在激烈的市场竞争中,客户信息对企业而言是最重要的资源之一，如果客户资料被泄露，带来的损失是难以计算的。尽管在第三方物流服务关系中，提供商与用户之间对彼此的商业信息保密是重要的合作基础，但由于第三方提供商通常并不只是面对一个客户，当信息在更多的企业间共享的时候，企业的商业秘密被泄露的可能性就会增大。
(3)公司战略机密泄露的风险
物流是一个企业发展战略的重要组成部分，第三方服务商由于承担着执行这一战略的职能，通常对企业的战略都会有很深的认识，从采购渠道的调整到市场策略，从经营现状到未来预期,从产品转型到客户服务策略，第三方服务商都可能得到相关的信息。因此，使用第三方物流会使企业核心战略被泄露的风险增加。
(4)出现连带经营风险
第三方物流是基于合同的比较长期的合作关系，如果第三方服务商自身经营不善,则可能会影响使用方的经营;但如果要解除合同关系又会产生很高的成本。特别是企业选择新的物
流服务商并建立起稳定的合作关系,往往需要较长时间的磨合期。在磨合期内，企业将不得不面对新服务商因为对产品不熟悉、信息系统结合不好等造成的低质量服务。
由此可见，在企业考虑是否外包物流的过程中，不能只看到第三方物流带给企业的利益，多考虑一些负面的效应也是必需的。只有对它的正负面效应都有了清醒的认识和慎重的分析衡量之后，企业才能够做出正确的适合自身发展的决策。
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