物流系统的结构是指构成物流系统的要素或子系统间相互联系的方式。物流系统是一个既有静态，也有动态，既有时间，也有空间多重结构的复杂系统，因此，物流系统结构形式最重要的是质态结构、量态结构、空间结构和时间结构这四种结构。
(1)质态结构。质态是指物流实体要素以技术性质上的相互适应性而发生联系的作用方式。质态结构的目标是追求全面发挥各要素的潜在能量，实现物流系统的最大功效。国际物流系统中质态结构主要表现在物流组织者与载体的组合、载体与线路的组合、流体与载体的组合、载体与载体的组合等这样的组合之中。
(2)量态结构。量态结构是指物流实体要素以相互协调的数量比例关系而发挥作用的连接方式。量态结构不仅表现在实体要素的组织者与载体、载体与载体、流体与载体的组合中，而且还表现在运输与储存、运输与装卸搬运等不同物流环节的连接中。
(3)空间结构。空间结构是指物流实体要素之间、不同环节之间在空间地域上分布的关联状态。空间结构的要求主要体现在流体流动的起点、终点与线路分布、物流网点的布置和物体与载体的空间位置组合之中。
(4)时间结构。时间结构是指运输、包装、装卸搬运、储存、流通加工、配送、检验检疫与通关等不同环节（子系统）根据不同需要而形成的先后时间次序的状态。时间结构的基本功效就是把物流系统的不同环节形成在时间上先后有序、上下衔接紧密的时序过程,使其具有更高的效率和效益。时间结构的表现形式有超前型、依次继起型、同步并行型和滞后型。
物流系统是由多立体型的子系统连接而成的具有时空序列型的总系统。运输、包装、装卸搬运、储存、流通加工、配送、检验检疫与通关等环节都是由组织者、流体、载体、路线等实体要素结合成的具有特定功能的立体子系统，这些立体型的子系统又按照不同的具体需要连接成先后有序的总系统。尽管物流系统的四种结构是互相并列、彼此独立的，各自具有自身的性能和作用,不能互相代替，然而，只有它们之间相互依存、共同发挥作用，形成一种合力，才能达到系统的最优化。
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