在运营过程中，通过供应链成员之间的分工与协作，供应链能以较低的成本实现较大的整体利润。然而，供应链运营也将面临更大、更复杂的风险，如果不能予以有效控制，将会给整个供应链造成巨大的损失。
供应链运营过程中，既包括外生风险，也包括内生风险，比如，市场风险、信用风险、协调风险、资金风险、安全库存风险等。
1.资金风险
某些企业在生产运营中可能会占用上下游企业大量的资金，如果其财务状况不够稳健，将随时导致对整条供应链的致命打击。
供应链中的上下游企业之间互相提供信用，各企业都需要在反应速度和效率之间进行权衡，一旦哪一家企业出现资金危机，上游提供品不能正常输出，下游则会因输入品供应不及时而影响生产，这就导致链条某一环的断裂。一环的断裂会以极快的速度传遍整个供应链，犹如多米诺骨牌，整个供应链就面临崩溃。
2.安全库存风险
适量库存是厂商生产经营活动顺利进行的前提，过多的库存投资使厂商承担过重的储存成本，影响利润水平；而过少的存货又会增加厂商存货短缺的风险。一般地，厂商为防范和减少存货短缺成本，需要在正常周转库存量的基础上，确定一个附加的安全保障库存量。
一般地，厂商在处理存货的信息方面，因为公司内部间的隔阂影响了信息的有效流通，信息的成批处理使得公司内“加速原理”生效，需求信息经常被扭曲或延迟，从而引起釆购人员和生产计划制定者的典型反应——“前置时间或安全库存综合征”。该效应继续加强，直到增加过量，相应的成本同时随之上升。过剩的生产能力不断蔓延至整条供应链，扭曲的需求数据开始引起第二种效应——“存货削减综合征”，厂商不得不选择永久降低产品的销售价格，侵蚀企业的盈利。前一种效应引起过量的存货，公司为了寻求出路又导致后一种结果，不进行流程改造，这两种效应将持续存在并互相推动。
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