供应链管理的关键在于建立供应链成员之间的合作关系，使相互之间在设计、釆购、生产、销售等方面相互协调，形成无缝链接的整体优势。因此，合作伙伴关系的建立是供应链管理的核心。由于供应链成员是相对独立的实体，在合作过程中还存在竞争关系，从而导致了供应链合作风险的存在。
1.信用风险
供应链中，由于每个合作者都有其自身的利益，合作伙伴既是合作者也是竞争者，因此，在联盟过程中不可避免地存在不合作的行为。合作伙伴进行联盟合作的目的，很大程度上是为了获取能使各方互惠互利的技术和资源，但由于机会主义的存在，一方合作者在学习另一方技术优势的同时也会尽力保护自身的技术优势，最终还是有可能抛弃合作者。为防止这种现象的出现，企业通常会保护其核心能力，使核心的知识不致被伙伴所窃取。因而，一方面要利用各自的核心能力进行合作，另一方面又要为保护核心能力而设置壁垒，这会引发伙伴间的不信任，引起联盟伙伴间的不合作。
2.协调风险
供应链属于一种战略性合作体，链上企业作为合作博弈主体，其策略选择受到各自利益驱动的影响。同时，因为信息不对称、信息扭曲、市场不确定性以及其他政治、经济、法律等因素的变化，而导致各种风险的存在。当供应链规模日益扩大，结构日趋繁杂时，信息传递延迟以及信息传递不准确的可能性都会增加，并使整个供应链陷入困境。供应链管理中产生的协调风险是理性成员所运用的优化行为的结果。每一个成员都是理性人，为了保证自己的利益最大化，他们会隐藏一些敏感信息，涉及商业秘密的信息不外泄；为了满足消费者的需求，会夸大一些公用信息（如消费者的订货量等），使信息失真，造成信息风险。从整条供应链看，每一个成员的利益最大化，并不一定带来整条供应链的效益最大化，往往这种“内耗”会大大影响供应链的整体运作水平及竞争力。为了使供应链上的企业都能从合作中获得满意结果，必须釆取一定的措施规避供应链运行中的风险，如提高信息透明度和共享性、优化合同模式、建立监督控制机制等，尤其是必须在企业合作的各个阶段通过激励机制的运行，釆用各种手段实施激励，使供应链企业之间的合作更加有效。通常供应链的整体协调需要有一个核心企业或是权威企业，虽然它不像企业那样靠权威进行资源配置，但也必须有一个类似权威中心的企业进行协调、倡议之类的活动。这个核心企业也是理性的市场主体，其针对供应链的决策行为不可避免地会维护既得利益。
沃尔玛的供应链是典型的大型零售业主导型供应链，整个链条是以沃尔玛零售企业为核心，这种组织形式使沃尔玛在预防供应链固有风险方面具有得天独厚的优势。在供应商的眼里，沃尔玛是一个强硬的客户，因为他认为自己是在为顾客讨价还价，而不必对供应商感到抱歉，他们唯一要得到的就是最低价。霸主的地位使沃尔玛在与供应商的交往中占据明显的优势，他要求每个企业都必须以最低价格保证标准质量，必须使用新技术与沃尔玛保持信息的同步，必须及时更新自己的能力而不被淘汰等，通过要求各个供应商遵循自己制定的标准和要求，沃尔玛将自己的价值观等潜移默化地移植到供应商的企业中，增加了供应链上各企业的文化共性，逐步减少了因企业间文化差异而产生的摩擦和风险。
3.服务质量连带风险
在供应链中，合作双方对外提供服务时通常都是通过统一的品牌形象和统一的服务流程，这一方面可以使企业借助已有的强势品牌效应较容易地开展业务活动，并进一步增强客户的品牌认可度和品牌忠诚度，但同时也带来了另一方面的潜在风险。当供应链中的一方由于各种原因而损害了客户利益，造成客户极度不满时，就会对整个供应链品牌甚至对合作双方的原有企业形象造成不良的影响。
4.整体反应能力风险
供应链追求的是整体竞争优势，主要表现在整体的反应能力上，然而，由于供应链涉及多个独立的成员企业，如果不能建立一个科学优化的集成业务流程，就会降低供应链对市场的反应能力。如果供应链成员仅关注自身的核心能力，就会影响供应链整体的综合控制能力；另一方面，如果供应链成员，尤其是核心企业存在能力缺陷，就会成为阻碍供应链系统有效产出的薄弱环节，从而影响供应链的整体柔性。
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