物流价格管理的方法分为直接管理与间接管理两类。
(1)直接管理
直接管理是指由国家直接制定、调整和管理物流价格的一种行政管理方法。它主要依靠行政机构、借助行政权力下达行政命令，具有行政约束力。其特点是物流价格由中央政府、国家物价部门或物流主管部门直接制定与调整，并依靠各级政府的行政力量强制物流企业执行,物流企业基本上没有价格的制定与调整权，价格一经下达或一经确定便具有相对稳定性。这种方法是我国计划管理体制时期管理价格使用的主要方法。
(2)间接管理
间接管理是指国家各级行政部门一般不直接制定物流价格,而是通过经济政策的制定与实施，运用经济手段来影响物流企业的运价环境，诱导其定价行为的一种价格控制方法。其特点是国家通过经济杠杆、经济参数的运作去影响价格形成的相关条件，从而间接地影响物流价格的价格水平和物流企业的价格行为，使之按照国家的价格目标的要求变动。国家采用经济
政策和经济手段的目的在于改变物流企业的定价环境，并不直接干预物流企业的定价权本身。这种方法是我国新型价格控制体系所采用的主要方法。
实际上,上述两种方法可以结合使用。从我国物流价格管理的实践与发展来看，应该是实行直接管理与间接管理相结合，并以间接管理为主的价格管理方法。换言之，对少数关系到国计民生的重点物资的物流价格应进行直接制定与管理，而其他大多数物流价格可由物流企业自主决定，国家主要通过经济政策和经济手段进行间接控制。
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