目前，物流公司垫付费用主要体现在以下两个方面：一是垫付货物款。比如，为发货人承运一批货物时，物流公司首先代提货人预付部分货款，当提货人取货时则交付给物流公司全部货款。二是垫付物流费用。考虑垫付费用大量出现，以下仅说明物流企业作为代理人时，为委托人垫付费用时的风险防范。
(1)垫付费用的合法性问题
受托人没有垫付费用的义务，当受托人决定垫付费用时，尤其是委托人没有对垫付费用做出明确授权时，代理人自行垫付的行为是否应当受到法律保护呢？
我国《合同法》第三百九十八条规定：“委托人应当预付处理委托事务的费用。受托人为处理委托事务垫付的费用，委托人应当偿还该费用及其利息。”显然，货运代理为处理物流事务垫付的必要费用，如垫付运费、港杂费、关税等，以及船务代理向船公司垫付的运费，委托人均有义务偿还给付利息。
①为完成受托事项而自行垫付的必要费用，委托人不得仅以未经其同意为由拒绝返还，但委托人提出相反证据的除外。所谓必要费用，指受托人依指示并尽应尽之注意程度处理委托事务时所需要之费用。确定必要费用的范围，需考虑委托事务的性质、受托人的注意义务以及支出费用时的具体情况等因素，在具体个案中加以认定。受托人主张必要费用的，应当对其垫付事实负举证责任。
②处理委托事务过程中所产生的非正常费用和额外费用，受托人代为垫付之前，应当征得委托人的同意。其不征得委托人的同意擅自垫付，属于超越代理权限，委托人有权拒绝偿还。
③受托人可以同时请求偿还利息。关于利息的起算点，我国《合同法》没有规定。受托人为了委托人的利益而垫付必要费用，实际上是委托人占用了受托人的资金，理应从占有即费用支出之日起计算利息，除非另有约定。
(2)垫付费用所面临的风险
垫付费用对一些资金相对紧张的委托人而言颇有吸引力，因而它已成为物流代理人承揽业务的主要手段之一，但是在吸引客户的背后却隐含着代垫费用无法回收的风险。
①垫付费用的合法性。可能承担垫付费用被法院判定不合法的风险。
②客户的资信问题。凡是被垫付费用所吸引的客户，大部分都存在资金紧张的问题，如果一旦客户的经济状况恶化，代理人垫付的费用可能无从追回。
③诉讼成本问题。如果垫付费用数额不大，则如若委托人逾期拖欠、拒付全部或部分款项，代理人往往陷于被动，因为对金额不大的欠款纠纷采取公力救济如诉讼或仲裁方式，耗时、耗力、耗财，因而，许多代理人面对这种情况常常是束手无策或考虑到诉讼成本、维系客户等问题而放弃权益。
(3)垫付费用风险防范
①尽可能不予垫付，或建立相应的客户档案和信用管理，对信誉好、有实力的客户基于维系需要可以垫付，但在代理协议中应明确垫付运费的授权并约定逾期支付或返还所垫付运费以及代理佣金的违约责任，适当可以约定较高的违约金(通常为5%。。至3%。之间，具体由当事人约定)，以防止或约束货主违约。
②申请支付令。根据我国《民事诉讼法》第一百八十九条的规定和最高人民法院的司法解释，申请支付令必须符合下列条件：第一，请求给付的必须是金钱或者有价证券。第二，请求给付的金钱或有价证券已经到期且数额确定，并写明请求人所依据的事实和证据。第三，债权人和债务人没有其他债务纠纷，即债权人没有对等给付义务。第四，支付令要能够送达债务人，债务人不在我国境内或虽在境内但下落不明的，不适用。可见，在证据齐全、法律关系明确的情况下，物流企业可依法向海事法院申请支付令，以便债务人尽快偿还所欠运费，既节约诉讼费用，又节省时间和精力。当然，在债务人提出书面异议导致支付令失效的情况下，还可以向有管辖权的法院提起诉讼。
③只要时间与条件允许，当越权行事时，务必事先征得委托人的同意或事后得到其追认。
④当自己的权利受到侵犯时，应采取法律手段维护自身的合法权利。委托人无理拒绝支付应支付的费用时，货运代理就有权留置委托人的货物及有关单证。当然，物流企业也有权向有管辖权的法院起诉该委托人。
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