集装箱码头装船作业也由集装箱码头中心控制室的船舶控制员负责，一般进行以下控制：
（1）装船作业前，船舶控制员查看出口船舶的有关资料和该船舶已进场箱的已放关箱量；
（2）船舶控制员通过了解出口箱在堆场的分布，计算出船时产量和台时产量的最低限度；
（3）船舶配载员对船舶根据预配船图进行配载后，船舶控制员根据配载顺序发送指令给岸边桥吊，指挥桥吊进行装船作业；
（4）船舶控制员对装船作业过程进行监控、调整；
（5）装船完毕后，船舶控制员在集装箱码头计算机系统内输入船舶航次完工时间和离泊时间。
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