在具有许多优越性的同时，集装箱运输方式也存在一些缺陷。
（一）集装箱运输需要大量的初始投资
开展集装箱运输需要一系列新的设施与设备，这都需要有大量资金投入。例如港II，需要投资集装箱桥吊、跨运车、轮胎式龙门吊等机械，需要专门铺设集装箱场地；铁路运输需要投资集装箱车皮，能装卸集装箱的办理站；公路运输，需投资集装箱卡车，能处理集装箱的公路中转站等。而且各种运输方式的投资还必须配套，只在一种运输方式上配备了必要的设备，由于集装箱运输是一种多式联运，还是无法形成完整的运输能力。这就需要非常大的初始投资。据口本公布的数字，从1967年到1977年10年间，H本在海上集装箱运输方面所投资金，就高达5270亿H元。
（二）建立新的管理体制和形成新的管理人员队伍
联合国有关机构曾作出评估：在许多发展中国家刚开始开展集装箱运输的时候，其管理人员大多从原件杂货运输的管理转行而来。集装箱运输在信息管理、箱务管理、堆场管理、装卸运输管理、机械设备管理、单证报表管理等方面，存在一些全新的理念和方法，必须形成新的管理体制，建立新的管理理念，形成新的管理队伍。这些日标的达到，不可能一蹴而就，需要有相当时间的积累。
（三）增加了一些潜在的不安全因素
这类不安全因素表现在：第一，全集装箱船常有三分之···（有时高达二分之一）的集装箱装在甲板上，这样就提高了船舶的重心，影响了稳性。同时，甲板很高的的堆箱，还会影响驾驶台的视线，而且甲板堆箱还影响消防通道畅通。第二，全集装箱船为使箱子入舱，其舱口必须大于普通干货轮，这使得集装箱船与普通货船相比，在抗拒纵向变形的能力方面减弱许多。第三，货物装箱铅封后，在途中无法知道箱内货物的状态。如果在装箱时处置不妥，用集装箱运输方式，途中就没有任何纠正的机会，由此可能导致发生比件杂货运输方式更严重的货损。
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