商船三井（MitsuiO.S.K.Lines,Ltd，MOL)是日本的大型海运公司，在东京证券交易所上市，总部位于日本东京都港区。因为公司最早的源流为大阪商船，所以登记上的本部地址为大阪市北区中之岛。
商船三井与日本邮船及川崎汽船并称为日本三大海运公司，以纯利润及市价总值计算居日本第一位，而销售额则仅次于日本邮船。商船三井的主要源流有二，分别是成立于1884年的大阪商船和1942年的三井船舶，分属日本的两大财团住友财阀和三井财阀。在1964年二者合并为大阪商船三井船舶株式会社，开创了日本跨财阀大公司合并的先例。在1999年，大阪商船三井船舶再次与当时日本排名第四位的NavixLine合并，改名为现今的公司名称。
不同于马士基等以集装箱运输为主的海运公司，商船三井的经营范围涉及各个船种。截止到2008年3月底，共计拥有各类商船845只，5434万重量吨，是世界最大的船队。同时商船三井拥有业界第一位的液化天然气船队，以及强大的干散货船和汽车滚装船，而集装箱运输领域则居世界第10名左右。商船三井的集装箱是以鳄鱼扛集装箱为标志，是个明显而有趣的特征。
在2008年度《财富》杂志世界500强排名中，商船三井与马士基、日本邮船及中远集团作为仅有的4家国际航运企业人选。
商船三井在中国有130年的船运经验。从1878年蒸汽船“秀吉丸”从日本九州三池运送煤炭到中国起，商船三井便开始了它的中国之旅。
从2002年开始，商船三井就制订了一份为期3年的扩展计划，其主要目的是在中国大陆地区增设经营网点。2006年7月份设立成都办事处，意味着这家国际知名航运公司正式进军中国内地货运市场。据悉，随着成都办事处的设立，商船三井在中国已拥有24家分公司及办事处。
在班轮业务方面，商船三井在中国成立初期，其主要收人来自于为商船三井总部进行集装箱班轮业务代理所获得的佣金。佣金收入当时几乎构成了商船三井中国100%的收入来源。如今，商船三井中国地区的非班轮运输业务正在不断增长，但该公司来自班轮业务的收人仍然占到总收入的90%以上。目前，商船三井经营的挂靠中国的航线已超过20条。
在非班轮业务方面，商船三井中国在油轮、汽车船、散货船运输方面的业务都有所增长。
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