物流信息系统本身也是一个系统，它具有系统的一般特性。信息系统是一个企业或组织的内部神经系统，具有整体效应f目的性表现在信息系统的最终目标是为管理决定提供信息支持；信息系统是可以进行分解的，把整个组织的信息系统分解成若干个子系统，而各个子系统可以划分为若干模块，表现出了系统的层次性；系统的各个组成部分之间又有着各种各样的联系，体现出其相关性；由于信息系统最终是为管理和决策服务的，而管理和决策要依赖于企业或组织内部各方面的变化、依赖于外部环境的变化情况，环境发生了变化必然导致信息系统的变化，因此，一个良好的信息系统应具有良好的环境适应性。
在物流信息系统的设计中，可采f“自上而下”的原则将系统分解为若干个子系统，对这些子系统再逐步进行^解和优化，使其结构清晰、功能明确和易于实现。简单来说，物流信息系统一般由以下子系统组成，各子系统均有自己特有的功能：
管理子系统：提供与具体业务无关的、系统所需的功能
采购子系统：提供原材料采购信息的功能；
仓储管理子系统：使用仓储管理系统储存业务的收发、分拣、摆放、补货、配送等等，同时仓储管理系统可以进行库存分析与财务系统集成；
库存子系统；提供库存管理信息的功能；
生产子系统：提供生产产品信息的功能；
销售子系统：提供产品销售信息的功能；
配送子系统：是指根据商品的配送类型做分类后，再按照商品重量与体积等各因素拟定的派车计划、体积装载计划以及配送行程计划等作业系统；运输子系统：提供产品运输信息的功能；
财务子系统：提供财务管理信息的功能；
决策支持子系统：使物流信息系统达到一个更高的层次。
以上只是物流信息系统功能的框架式划分，而相当重要的各子系统之间的相互关系并没有标识出来。例如，库存子系统就和采购子系统及生产子系统具有密切的关系等等。在物流信息系统结构中，应确定子系统间的信息流与数据接口（包括通信协议与数据标准定义），满足子系统间为实现数据交换的通信需求。
