会计方式的供应链物流成本核算，是要通过凭证、账户、报表的完整体系，对供应链物流成本耗费进行连续、系统、全面记录的计算方法。这种核算方法又可分三种具体形式：
(1)独立的供应链物流成本核算模式。这种模式要求把供应链物流成本核算与企业日常财务会计核算体系截然分开，单独建立起供应链物流成本的凭证、账户和报表体系。在独立的供应链物流成本核算模式中，建立起账簿凭证，当发生与供应链相关的物流成本时，分别计入已经设置好的各个科目之中。具体做法是，对于每项物流业务，均由车间成本员或者基层核算员根据原始凭证编制物流成本记账凭证一式两份，一份连同原始凭证转交财务科，据以登记财务会计账户，另一份留基层成本员据以登记物流成本账户。
这种计算模式的优点包括：提供的成本信息比较系统、全面、连续、准确、真实；两套计算体系分别按不同要求进行，向不同的信息要求者提供各自需要的信息，对现行成本计算的干扰不大。
但这个计算模式的工作量较大，在目前财会人员数量不多，素质有限的情况下开展起来有相当难度。另外，基层核算员财务核算知识的缺乏，也会影响物流成本核算的准确性。
(2)结合财务会计体系的供应链物流成本核算模式。这种模式是把供应链物流成本核算与企业财务会计和成本核算结合起来进行，即在日常企业财务核算的基础上增设一个“供应链成本”科目，并按照供应链功能、供应链成本项目等分别设置二级、三级明细账，并且可以按费用形态设置专栏。
当然，这种方法也存在明显的缺点，表现在：为了实现资料数据的共享，需要对现有的产品成本计算体系进行较大的甚至是彻底的调整；为了保证产品成本计算的真实性和正确性，需要划分现实物流成本、观念物流成本（如物流利息）的界限，划分应否计入产品成本的界限，如人员素质不高则较困难；责任成本、质量成本等管理成本都要与产品成本相结合，再将物流成本也与之结合，其难度更大。
(3)供应链物流成本二级账户核算模式。这种模式是在相应的成本费用账户下设置供应链物流成本二级账户，进行独立的供应链物流成本二级核算统计。
在企业的日常财务核算体系中，在每个成本或费用的一级科目下设置“供应链物流成本”二级科目。在这个二级科目下再按照供应链职能、费用形态等设置三级账户，甚至设置专栏。例如，在“供应链物流成本”下，可以设置“运输成本”、“库存持有成本”、“订货成本”等三级科目，在各个三级科目下又可以设置“人工费用”、“材料费用”等专栏。
当发生相关的成本费用时，企业按照财务会计制度的要求编制凭证、登记账簿，进行正常的财务会计成本核算的同时，根据记账凭证上的二级科目，登记有关的供应链物流成本二级账户及其明细账，进行账外的供应链物流成本计算。
例如，当企业发生一笔电话费用时，在日常企业会计核算中属于管理费用，而在供应链成本核算体系中属于物流成本，则应作如下分录：
借：管理费用-供应链物流成本贷：现金
另外，在账外核算供应链成本时，应作如下分录:
借：供应链成本-物流成本-订货成本贷：现金
