首先，应设立“供应链交易成本”会计科目，下设“事前交易成本”和“事后交易成本”两个二级科目。在“事前交易成本”科目下又设“信息搜寻成本”、“合同谈判成本”、“签订合同成本”等明细科目；在“事后交易成本”科目下又设“激励成本”、“监督成本”、“违约金”、“律师费用”、“诉讼费用”、“公共关系费用”等明细科目。并建立起相应的交易成本核算准则和一系列核算程序和方法。
(1)事前交易成本核算
核算事前的交易成本的会计科目有信息搜寻成本、谈判成本、签订合同成本。
①信息搜寻成本：核算因一项交易而收集相关信息而发生的各项费用，含广告宣传费、展览费、信息和价格调研人员的差旅费、咨询费、通讯费、印刷费以及信息设备折旧费等支出。
②合同谈判成本：核算一项交易在谈判阶段发生的业务招待费、差旅费、谈判人员工资等。
③签订合同成本：核算签订一项交易合同过程中起草和签约等活动发生的招待费、差旅费、签约人员的工资。
(2)事后交易成本核算
核算事后的交易成本的会计科目有激励成本、监督成本、交易变更费用、公共关系费用等。
①激励成本：为了使供应链更加有效率，供应链节点企业需要付出激励成本，比如：价格优惠、收益返还等。
②监督成本：契约签订以后，需要对交易对方的履约情况进行监督考核，以确保自己的利益不受到侵
犯，这就要发生相应的成本，比如：监督人员的工资、差旅费、其他考核成本等。
③交易变更费用：由于出现意料之外的偶发事件，不能继续履行契约，按照合同规定需要支付违约金；在履约过程中如果发生纠纷或自己利益受到很大侵犯，可能要诉诸法律手段解决，需要支付律师费和诉讼费用；如果一项交易终止，那么以前为签订合同所发生的信息费用、谈判费用、签约费用、监督履约费用和丧失其他机遇的机会损失等就是损失成本。
④公共关系费用：供应链中的企业需要和上下游的打交道，需要支出业务招待费、差旅费用、公关人员工资福利等。
从以上交易成本所列项目可以看出，交易成本跨越了传统意义上销售费用的界限划分，是交错于各个费用之间的费用集合，更是严重影响各个费用的一个重要成本概念。它既包括了一部分销售费用，也包括了一部分管理费用，还有一些财务费用和营业外支出也应归集在交易成本里。我国现行会计实务中一般将为购货而发生的交易成本列作管理费用；将为销货而发生的交易成本列作销售费用。
