第三代国际航运中心资源配置功能的内涵分为物流集散功能、航运服务功能、产业带动功能、管理协调功能四大子功能系统。
1.物流集散功能
国际航运中心物流集散功能就是指在构建现代化、立体化、网络化、信息化的综合运输体系和现代物流基地的基础上，形成强大的游行货物集散平台，具备货物大进大出的物流集散能力，形成商品资源配置功能的强辐射力。
第三代国际航运中心资源配置功能的首要作用必须对其辐射半径内的游行货物进行配置，第三代国际航运中心以其港口为枢纽，通过空中、陆路、水路等集疏运方式进行集中与分散，形成区域内的资源最佳配置。
2.航运服务功能
国际航运中心服务功能即指为资源配置的生产要素集散服务、以航运服务业产业链中上游产业为核心，形成上游产业、中游产业、下游产业协调发展的功能，为各种资源的集散提供相应的良好服务，提升港口的整体服务功能，推动国际航运中心资源配置功能的扩散与辐射。
航运服务功能的主要服务对象是资金、技术、信息、人员、企业等生产要素,这些生产要素的流动起源于有形货物的流动，是有形货物流动衍生的要素流动。有形货物流动中，伴随着资金、信息、载体、人员、企业的相应活动，其中各项活动按照专业化分工原则独立出来，就形成专业化服务。第三代国际航运中心资源配置功能的大范围大规模地调动有形货物，将派生出大量的航运服务，由此派生出相应的航运服务功能。
3.产业带动功能
国际航运中心资源配置的产业带动功能建设，即指在国际航运中心资源配置的集散功能、服务功能的带动下，发展国际航运中心的临港、临江口岸的加工制造功能，形成国际航运中心带动地方经济的乘数作用，提升国际航运中心资源配置功能的规模效应和能级。
第三代国际航运中心的港口为当地城市、地区的地理位置之要冲，其货物进出、生产要素的流动十分便利，货物和生产要素的流通成本低廉，各种服务全备，产业的延伸条件较好，因此，临港的各种出口加工业、制造业应运而生，资源配置功能派生出产业带动功能，形成对地方经济的拉动效应。
4.管理协调功能
国际航运中心资源配置的管理协调功能建设，即指政府在国际航运中心资源配置功能运行中的管理手段的国际化、协调化、市场化、法制化、现代化建设，推动国际航运中心资源配置功能的有效运作。
第三代国际航运中心资源配置功能的运作是在国际市场的大环境下实施的，其运作必须符合国际市场运行的规律和惯例，同时又要符合当地的特点。因此单靠市场自行运作，难以形成资源配置的有效环境。因此，形成第三代国际航运中心资源配置功能的有效的管理协调功能，构成国际航运中心符合国际惯例的便捷、有效、通达的运作机制，是形成资源配置最佳化的有效手段。
