报检单位是发生报检行为的主体，按其登记的性质，可分为自理报检单位和代理报检单位两种类型。自理报检单位，是指根据法律、法规规定自行办理检验检疫报检/申报手续的进出境收发货人，自理报检单位在首次报检时须办理备案登记手续，取得自理报检单位备案登记号。代理报检单位，是指获得检验检疫机构注册登记后，接受进出境收发货人委托，为委托人办理报检的从事代理报检业务的境内企业。
按照报检单位的类型划分，报检行为可分为自理报检行为和代理报检行为。自理报检单位自行报检本企业生产、加工、储存或经营的进出口货物的报检行为，属于自理报检行为，简称自理报检。代理报检单位接受有关贸易关系人委托，为有关贸易关系人办理出入境检验检疫手续的报检行为，属于代理报检行为，简称代理报检。
(1)自理报检单位的范围
近年来，我国与世界各国的政治、经济、文化、人员等方面的交流日益频繁，需要向检验检疫机构申报的单位和部门也在不断增加，自理报检单位主要包括以下几类：
①有进出口经营权的国内企业。
②进口货物的收货人。
③出口货物的生产企业。
④出口食品包装容器和包装材料、出口货物运输包装及出口危险货物运输包装生产企业。
⑤中外合资、中外合作、外商独资企业。
⑥国外(境外)企业、商社常驻中国代表机构。
⑦进出境动物隔离饲养和植物繁殖生产单位。
⑧进出境动植物产品的生产、加工、存储、运输单位。
⑨对进出境动植物、动植物产品、装载容器、包装物、交通运输工具等进行药剂熏蒸和消毒服务的单位。
⑩有进出境交换业务的科研单位。
(2)自理报检单位备案登记
检验检疫机构对自理报检单位实行备案管理制度。凡属自理报检单位范围的，首次办理报检业务时，须持有关证件向当地检验检疫机构申请办理备案登记手续。国家质检总局负责全国自理报检单位的统一管理工作，各地直属检验检疫局负责所辖地区自理报检单位备案登记等工作的组织实施，各地检验检疫机构负责辖区内自理报检单位的备案登记、信息更改、根据实际情况对自理报检单位的备案信息定期进行核实、日常监督管理等具体管理工作。
自理报检单位实行属地管理原则。自理报检单位备案登记的申请人应向其工商注册所在地检验检疫机构提出申请，并同时提交以下申请材料。
①自理报检单位备案登记申请表。
②加盖企业公章的企业法人营业执照复印件，同时交验原件。
③加盖企业公章的组织机构代码证复印件，同时交验原件。
④有进出口经营权的企业须提供有关证明材料。
⑤申请人需要向检验检疫机构提供的其他有关证明材料。
⑥检验检疫机构要求的其他相关材料。
申请人提交的材料应当真实、齐全、有效。检验检疫机构受理申请人备案登记申请，对其提供的材料进行审核，审核通过的予以备案登记，并向申请人颁发自理报检单位备案登记证明书，申请人须携带有效证明文件领取。自理报检单位备案登记证明书有效期为5年，期满后，自理报检单位应当到原备案的检验检疫机构办理延期换证手续。
自理报检单位必须遵守有关法律、法规，并接受检验检疫机构的监督管理。自理报检单位需要终止备案登记的，应以书面形式向原备案登记的检验检疫机构办理注销手续，经审核后予以注销。自理报检单位提供虚假信息或材料并取得备案登记的，检验检疫机构撤销其备案登记。自理报检单位提供的材料失实，或不按规定办理更改手续，造成无法落实检验检疫等严重后果的，按相关法律、法规规定处理。
已经在工商注册所在地检验检疫机构备案登记的自理报检单位及其已注册的报检员，前往注册地以外的检验检疫机构报检时，检验检疫机构核实其提供的自理报检单位备案登记信息后予以受理，并按照有关规定进行管理，自理报检单位无须在异地办理备案登记和报检员注册手续。
(3)自理报检单位信息变更
自理报检单位备案登记的信息有变动的，应及时更改，以确保其备案登记信息的准确性。自理报检单位的名称、注册地址、企业性质、法定代表人、报检员、营业场所、注册资金、电话号码、传真号码、电子信箱、联系人、邮政编码等内容更改的，检验检疫机构根据自理报检单位提出的更改申请及时办理信息变更手续。自理报检单位名称、地址、法定代表人更改的，重新颁发自理报检单位备案登记证明书。
(4)自理报检单位的权利和义务
①自理报检单位的权利
a.根据检验检疫法律、法规规定，依法办理出入境货物、人员、运输工具、动植物及其产品等与其相关的报检/申报手续；
b.按有关规定办理报检，并提供抽样、检验检疫的各种条件后，有权要求检验检疫机构在国家质检总局统一规定的检验检疫期限内完成检验检疫工作，并出具证明文件；
c.自理报检单位对检验检疫机构的检验检疫结果有异议的，有权在规定的期限内向原检验检疫机构或其上级检验检疫机构以至国家质检总局申请复验；
d.自理报检单位有权要求检验检疫机构对其提供的有关信息予以保密；
e.自理报检单位有权对检验检疫机构及其工作人员的违法、违纪行为进行投诉及检举。
②自理报检单位的义务
a.遵守国家有关法律、法规和检验检疫规章，对报检的真实性负责。
b.开展自理报检的企业，应当按检验检疫机构的要求聘用报检员，由报检员凭检验检疫机构核发的报检员证办理报检手续。自理报检单位应加强对本单位报检员的管理，并对报检员的报检及申报行为承担法律责任。
c.按照法律、法规规定提供正确、齐全、合法、有效的证单及资料，完整、准确、清楚地填制报检单，并在规定的时间和地点办理报检手续。
d.自理报检单位在办理报检手续后，应当按要求及时与检验检疫机构联系工作，并提供必要的工作条件，协助检验检疫工作人员进行现场检验检疫、抽(采)样及检验检疫处理等事宜，落实检验检疫机构提出的检验检疫监管及有关要求。
e.对已经检验检疫合格放行的出口货物应加强批次管理，不得错发、错运、漏发，以免造成货证不符。对入境的法定检验检疫货物，未经检验检疫合格或未经检验检疫机构许可，不得销售、使用或拆卸、运递。
f.应按法律、法规规定缴纳检验检疫费。
