保税物流园区的概念产生源于2003年"区港联动"政策的提出。起因是由于保税区的地理限制，导致了进出口货物的二次报关问题，即货物由两个海关（口岸海关和保税区海关）进行监管、需两次报关、两次查验、两次放行，和所属港口无联动，降低了通关的效率和效益，增加了企业的物流成本。因此，为充分利用保税区的政策优势和港口的区位优势，并且使二者协调运行而催生了保税物流园区。
2003年12月8日，国务院批准设立上海外高桥保税物流园区，作为全国首家“区港联动"试点区域，先行先试。2004年4月15日通过国家海关总署联合验收小组验收，2004年7月进入试运作阶段。2004年8月16日，国务院又相继批准大连、天津、青岛、张家港、宁波、厦门、深圳等7个与港口相连、条件较好的保税区与毗邻的港口实行港区联动，建立保税物流园区。2007年12月3日国务院又批准了广州保税物流园区。现共有9家国家级保税物流园区。
保税物流园区把保税区的保税仓储功能和临近港口的装卸、运输等物流功能整合起来，实现保税区与港口的一体化管理和运作，重点发展保税仓储和物流业，并赋予其国际中转、国际配送、国际采购中心和国际转口贸易四大功能。
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