出入境报检工作程序一般包括准备报检单证、电子预录入、现场递交单证、联系配合检验检疫、缴纳检验检疫费、签领检验检疫证单等几个环节。
1.准备报检单证
报检人员了解出入境货物基本情况后，应按照货物的性质，根据检验检疫机构有关规定和要求，准备好报检单证，并确认提供的数据和各种单证正确、齐全、真实、有效。需办理检疫审批、强制性认证、卫生注册等有关批准文件的，还应在报检前办妥相关手续。
(1)报检时，应使用国家质检总局统一印制的报检单。报检单必须加盖报检单位印章，即报检单位公章或已向检验检疫机关备案的“报检专用章”。
(2)报检单所列项目应填写完整、准确，字迹清晰，不得涂改，无相应内容的栏目应填写“***”,不得留空。
(3)报检单必须做到三个相符：一是单证相符，即报检单与合同、批文、发票、装箱单等内容相符；二是单货相符，即报检单所报内容与出入境货物实际情况相符，不得虚报、瞒报、伪报；三是单单相符，即纸质报检单所列内容与电子报检单载明的数据、信息相符。报检人员应在“报检人声明”栏手签名，并对申报内容的真实性、准确性负责。
(4)随附单证原则上要求原件，确实无法提供原件的，应提供有效复印件。但有关入境许可/审批文件、输出国家或地区官方检疫证书、进口废物装运前检验证书、出境货物换证凭单以及其他检验检疫机构特别要求的单证，须提交原件。
2.电子预录入
(1)报检人员应使用经国家质检总局评测合格并认可的电子报检软件进行电子报检。
(2)须在规定的报检时限内将相关出入境货物的报检数据发送至报检地检验检疫机构。
(3)对于合同或信用证中涉及检验检疫特殊条款和特殊要求的，应在电子报检中同时提出。
(4)对经审核不符合要求的电子报检数据，报检人员可按照检验检疫机构的有关要求对报检数据修改后，再次报检。
(5)报检人员收到受理报检的反馈信息(生成预录入号或直接生成正式报检号)后打印出符合规范的纸质货物报检单。
(6)需要对已发送的电子报检数据进行更改或撤销报检时，报检人员应发送更改或撤销申请。
3.现场递交单证
(1)电子报检受理后，报检人员应在检验检疫机构规定的地点和期限内，持本人报检员证到现场递交纸质报检单、随附单证等有关资料。
(2)对经检验检疫机构工作人员审核认为不符合规定的报检单证，或需要报检单位作出解释、说明的，报检人员应及时修改、补充或更换报检单证，及时解释、说明情况。
4.联系配合检验检疫
报检人员应主动联系配合检验检疫机构对出入境货物实施检验检疫。
(1)向检验检疫机构提供进行抽样、检验、检疫和鉴定等的必要的工作条件，配合检验检疫机构为实施检验检疫而进行的现场验(查)货、抽(采)样及检验检疫处理等事宜；
(2)落实检验检疫机构提出的检验检疫监管措施和其他有关要求；
(3)对经检验检疫合格放行的出境货物加强批次管理，不错发、错运、漏发，对未经检验检疫合格或未经检验检疫机构许可的入境法检货物，不销售、使用或拆卸、运递。
5.缴纳检验检疫费
检验检疫机构依法对出入境人员、货物、运输工具、集装箱及其他法定检验检疫物实施检验、检疫、鉴定等检验检疫业务，按《出入境检验检疫收费办法》及其收费标准收费。报检人员应在检验检疫机构开具收费通知单之日起20日内足额缴纳检验检疫费用。
6.签领检验检疫证单
对出入境货物检验检疫完毕后，检验检疫机构根据评定结果签发相应的证单，报检人在领取检验检疫机构出具的有关检验检疫证单时应如实签署姓名和领证时间，并妥善保管。各类证单应按其特定的范围使用，不得混用。
