为了加强对出入境货物的有效监管、方便进出，提高通关速度，国家质检总局和海关总署于2008年1月1日起实施了通关单联网核查制度。
1.概念和基本流程
通关单联网核查是依据“先报检、后报关”的原则，检验检疫机构和海关对法定检验检疫的进出口商品，实行出/入境货物通关单电子数据与进/出境货物报关单电子数据的联网核查。
核查的基本流程是：检验检疫机构根据相关法律、法规的规定对法检商品签发通关单，实时将通关单电子数据通过质检电子业务平台、经电子口岸信息平台传输给海关，海关凭此验放法检商品，办结海关手续后将通关单使用情况反馈质检总局。
实施联网核查后，检验检疫机构在签发纸质通关单的同时向海关发送通关单电子数据，企业取得纸质通关单后，向海关办理报关手续时，海关将电子报关数据与通关单电子数据进行比对，比对一致的海关凭纸质通关单办理通关放行手续，比对不一致的海关作退单处理。
2.联网核查的要求
为保证进出境货物的顺利出运，进出口企业在报检、报关时，必须按照有关规定如实申报，并保证通关单与报关单相关申请内容一致。
联网核查时比对的内容和要求包括：通关单号与报关单上填报的通关单号一致；报关单的经营单位与通关单的收/发货人一致；报关单的起运国与通关单的输出国家或地区一致，报关单的运抵国与通关单的输往国家或地区一致；报关单上法检商品的项数次序与通关单上对应商品的H.S编码一致：报关单上每项法检商品的法定第一数量不超过通关单上对应商品的数量；报关单上法检商品的第一计量单位与通关单上的货物计量单位一致；出境货物报关单上的“申报日期”在出境货物通关单的有效期内。
3.通关单信息状态
企业取得通关单后，可通过中国电子检验检疫业务网查询通关单状态信息。通关单状态信息分为“已发送电子口岸”、“电子口岸已收到”、“海关已入库”、“海关已核注”、“海关已核销”、“海关未能正常核销”、“通关单已过期”七种状态，其中：状态信息为“已发送电子口岸”,表示质检总局已将通关单电子数据发送给电子口岸；状态信息为“电子口岸已收到”,表示电子口岸已收到质检总局发送的通关单电子数据；状态信息为“海关已入库”,表示海关已成功接收通关单电子数据，企业可根据通关单电子数据办理报关手续；状态信息为“海关已核注”,表示该份通关单对应的报关单已申报成功；状态信息为“海关已核销”,表示该份通关单对应的报关单已结关；状态信息为“海关未能正常核销”,表示海关核销通关单电子数据不成功；状态信息为“通关单已过期”,表示该份通关单超过有效期，通关单无法使用。
通关单的有效期
(1)入境货物通关单的有效期为60天。
(2)一般报检的出境货物换证凭单(含电子转单方式)和出境货物通关单的有效期为：
①一般货物60天；②植物和植物产品21天，北方冬季可适当延长至35天；③鲜活类货物14天。
