常用计费规则如下:
(1)出入境检验检疫费以人民币计算到元，元以下四舍五入。
(2)收费标准中以货值为基础计费的，以出入境货物的贸易信用证、发票、合同所列货物总值或海关估价为基础计收。
(3)检验检疫机构对出入境货物的计费以“一批”为计算单位。“一批”是指同一品名在同一时间，以同一个运输工具，来自或运往同一地点，同一收货、发货人的货物。列车多车厢运输，满足以上条件的，按一批计；单一集装箱多种品名货物拼装，满足以上条件的，按一批计。
(4)同批货物涉及多项检验检疫业务的，应根据检验检疫业务工作实际情况，以检验检疫为一项，数量、重量为一项，包装鉴定为一项，实验室检验为一项，财产鉴定为一项，安全监测为一项，检疫处理为一项，分别计算，累计收费。
其中货物检验检疫费按品质检验、动物临床检疫、植物现场检疫、动植物产品检疫、食品及食品加工设备卫生检验、卫生检疫分别计算，累计收费。
(5)已经实施检验检疫的出入境法定检验检疫对象，有下列情况之一的，经重新报检井检验检疫后，检验检疫机构应按本办法及其收费标准另行收取相关费用。
①输入或前往国家(地区)更改检验检疫要求的。
②货物更换包装或拼装的。
③超过检验检疫有效期或证书(单)报运出口期限的。
④在口岸查验过程中，发现货证不符、批次混乱，需重新整理的。
(6)出入境关系人因故撤销检验检疫时，检验检疫机构未实施检验检疫的，不得收费；已实施检验检疫的，按收费标准的100%计收。因检验检疫机构责任撤销检验检疫的，不得收费。
(7)出入境关系人应按照有关法律、法规和《出入境检验检疫收费办法》及其收费标准，按时足额缴纳检验检疫费用。自检验检疫机构开具收费通知单之日起20日内，出入境关系人应交清全部费用，逾期未交的，自第21日起，每日加收未交纳部分5%的滞纳金。
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