出入境检验检疫业务流程是指受理报检/申报、计/收费、抽样/采样、检验检疫、卫生除害处理(检疫处理)、签证与放行的全过程。
1 受理报检/申报
受理报检/申报是指申请人按照法律、法规或规章的规定向检验检疫机构申报检验检疫工作的手续。检验检疫机构工作人员审核报检人提交的报检单内容填写是否完整、规范，应附的单据资料是否齐全、符合规定，索赔或出证是否超过有效期等，审核无误的，方可受理报检。对报检人提交的材料不齐全或不符合有关规定的，检验检疫机构不予受理报检。因此，报检人应及时了解掌握检验检疫有关政策，在报检时按检验检疫机构有关规定和要求提交有关资料。
2 计/收费
对已受理报检的，检验检疫机构工作人员按照《出入境检验检疫收费办法》的规定计费并收费。
3 抽样/采样
对须检验检疫并出具结果的出入境货物，检验检疫人员需到现场抽取(采取)样品。所抽取(采取)的样品有的并不能直接进行检验，因此，需要对样品进行一定的加工，这称为“制样”。样品及制备的小样经检验检疫后重新封识，超过样品保存期后销毁。
4 检验检疫
检验检疫机构对已报检的出入境货物，通过感官、物理、化学、微生物等方法进行检验检疫，以判定所检对象的各项指标是否符合有关强制性标准或合同及买方所在国官方机构的有关规定。目前，检验检疫的方式包括全数检验、抽样检验、型式试验、过程检验、登记备案、符合性验证、符合性评估、合格保证和免予检验等。
根据《出口工业品企业分类管理办法》,对出口工业品，检验检疫机构按照不同的企业类别和产品风险等级分别采用特别监管、严密监管、一般监管、验证监管、信用监管五种不同的检验监管方式。
5 卫生除害处理(检疫处理)
按照《卫生检疫法》及其实施细则、《动植物检疫法》及其实施条例的有关规定，检验检疫机构对来自传染病疫区或动植物疫区的有关出入境货物、动植物、运输工具、交通工具以及废旧物品等实施卫生除害处理。
6 签证与放行
出境货物，经检验检疫合格的，检验检疫机构签发出境货物通关单及相关检验检疫证书，并按规定与海关实施通关单联网核查，办理货物通关手续；经检验检疫不合格的，签发出境货物不合格通知单。
入境货物，检验检疫机构受理报检并进行必要的卫生除害处理后或检验检疫后签发入境货物通关单，并按规定与海关实施通关单联网核查。入境货物通关后经检验检疫合格的，或经检验检疫不合格、但已进行有效处理合格的，签发入境货物检验检疫证明，进口食品签发卫生证书；不合格需作退货或销毁处理的，签发检验检疫处理通知书，不合格需办理对外索赔的，签发各类检验检疫证书，供有关方面办理对外索赔及相关手续。
