我国进出口货物的通关模式是“先报检，后报关”。出入境报检程序一般包括准备报检单证、电子报检数据录入、现场递交单证、联系配合检验检疫、卫生除害处理、缴纳检验检疫费、签领检验检疫证单等几个环节。
(一)准备报检单证
接受货主报检委托后，根据货主提供的货物相关资料，报检员先了解出入境货物的基本情况，再按照货物的性质，根据检验检疫机构有关规定和要求，填制《出/入境货物报检单》,备齐报检所需随附单证，并确认提供的数据和各种单证正确、齐备、真实、有效。如需办理检疫审批、强制性认证、卫生注册等有关批准文件的，还应在报检前办妥有关手续。
报检时，应使用国家质检总局统一印制的报检单。报检单所列项目应填写完整、准确，字迹清晰，不得涂改。报检单填写必须做到三个相符：一是单证符合，即报检单和合同、批文(许可证)、发票、装箱单等内容相符；二是单货相符，即报检单所报内容与出入境货物实际情况相符，不得虚报、瞒报、伪报；三是单单相符，即纸质报检单所列内容与电子报检单载明的数据、信息相符。
除填写《出/入境货物报检单》外，还要准备外贸合同、发票、提(运)单、装箱单等随附单证。凡有关入境许可或审批文件、输出国或地区官方检疫证书、进口废物装运前检验证书、《出境货物换证凭单》以及其他检验检疫机构特别要求的单证，必须提交原件。
(二)电子报检数据录入
报检员将整理好的报检数据录入报检单位的企业端电子申报软件，再经互联网传人检验检疫综合管理系统，相关检验检疫机构对报检数据的审核采取“先机审，后人审”的程序进行。对报检数据企业发送电子报检数据，电子审单中心按计算机系统数据规范和有关要求对数据进行自动审核，对不符合要求的，反馈错误信息；符合要求的，将报检信息传输给受理报检人员，受理报检人员人工进行再次审核，符合规定的将成功受理报检信息，同时反馈给报检单位和施检部门，并提示报检企业与相应的施检部门联系检验检疫事宜。报检员收到受理报检的反馈信息(生成预录入号或直接生成正式报检号)后打印出符合规范的纸质货物报检单，并与检验检疫机构施检部门联系检验检疫事宜。
实施电子报检还要注意以下几点：一是报检员应使用经国家质检总局评测合格并认可的电子报检软件进行电子报检；二是须在规定的报检时限内将相关出入境货物的报检数据发送至报检地的检验检疫机构；三是对合同或信用证中涉及检验检疫特殊条款和特殊要求的，应在电子报检中同时提出；四是对经审核不符合要求的电子报检数据，报检人员可按照检验检疫机构的有关要求对报检数据修改后，再次报检；五是需要对已发送的电子报检数据进行更改或撤销报检时，报检人员应发送更改或撤销申请。
(三)现场递交单证
电子报检受理后，报检员应在检验检疫机构规定的地点和期限内，持本人《报检员证》到现场递交纸质报检单、随附单证等有关资料。对经检验检疫机构工作人员审核认为不符合规定的报检单证，或需要报检单位做出解释、说明的，报检人员应及时修改、补充或更换报检单证，及时解释、说明情况。
(四)联系配合检验检疫
报检人员应主动联系配合检验检疫机构对出人境货物实施检验检疫。具体体现在三方面：首先向检验检疫机构提供进行抽样、检验、检疫和鉴定等必要的工作条件，配合检验检疫机构为实施检验检疫而进行的现场验(查)货、抽(采)样及检验检疫处理等事宜；接着落实检验检疫机构提出的检验检疫监管措施和其他有关要求；最后对经检验检疫合格放行的出境货物加强批次管理，不错发、错运、漏发，对未经检验检疫合格或未经检验检疫机构许可的入境法检货物，不销售、使用或拆卸、运递。
(五)卫生除害处理
按照《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例的有关规定，检验检疫机构对有关出入境货物、动植物、运输工具、交通工具等实施卫生除害处理。卫生除害处理的方法主要包括：物理方法，如超声波、紫外线照射、加热处理、冷冻处理、捕杀、焚烧、深埋等；化学方法，如药物蒸熏除害、药物表面喷洒；另外，人为措施有禁止入出境、过境和封存等。
(六)缴纳检验检疫费
检验检疫机构依法对出入境人员、货物、运输工具、集装箱及其他法定检验检疫物实施检验、检疫、鉴定等检验检疫业务，按《出人境检验检疫收费办法》及其他收费标准收费。其他单位、部门和个人无权收取出入境检验检疫费。下面是《出人境检验检疫收费办法》中的几项基本规定。
(1)报检员应在检验检疫机构开具收费通知单之日起20日内足额缴纳检验检疫费用，逾期未交的，自第21日起，每日加收未缴纳部分5‰的滞纳金。
(2)检验检疫机构对出入境货物的计费以“一批”为一个计算单位。“一批”是指同一品名在同一时间，以同一个运输工具，来自或运往同一地点，同一收货、发货人的货物。列车多车厢运输，满足以上条件的，按一批计；单一集装箱多种品名货物拼装，满足以上条件的，按一批计。
(3)同批货物涉及多项检验检疫业务的，应根据检验检疫业务工作的实际情况，以检验检疫为一项，数量、重量为一项，包装鉴定为一项，实验室检验为一项，财产鉴定为一项，安全监测为一项，检疫处理为一项，分别计算，累计收费。
(4)已经实施检验检疫的出入境法定检验检疫对象，有下列情况之一的，经重新报检并检验检疫后，按本办法及其收费标准另行收取相关费用：输入或前往国家(地区)更改检验检疫要求的；货物更换包装或拼装的；超过检验检疫有效期或证书(单)报运出口期限的；在口岸查验过程中，发现货证不符、批次混乱，需重新整理的。
(5)出人境关系人因故撤销检验检疫时，检验检疫机构未实施检验检疫的不收费；已实施检验检疫的按收费标准的100%计收。因检验检疫机构责任撤销检验检疫的不得收费。
(七)签领证单
对出入境货物检验检疫完毕后，检验检疫机构根据评定结果签发相应的证单，报检员在领取检验检疫机构出具的有关检验检疫证单时，应注意检查证单是否正确，并如实签署姓名和领证时间，证单领走后要妥善保管。一般情况下，检验检疫机构的检务部门收到施检部门的证稿后，出境在两个工作日、入境在三个工作日内完成检验检疫证单的签发，特殊情况除外，报检人应及时领取证单。
对于进口商品，属法定检验检疫的，检验检疫合格，或经检验检疫不合格，但可进行有效处理的，检验检疫机构签发《入境货物通关单》,货主凭以向海关办理通关手续；经检验检疫不合格又无有效处理方法的，需做退货或销毁处理，检验检疫机构签发《检验检疫处理通知书》。非法定检验检疫商品，货主也可向检验检疫机构申请商品检验或鉴定，但通关时不需要向海关提交《人境货物通关单》,例如由收、用货单位自行验收的进口商品发现问题时，应及时向检验检疫局申请复验，如复验不合格，检验检疫机构即签发商检证书，以供对外索赔。
对于出口商品，属法定检验检疫的，出境报检分两种情况：产地和报关地一致的出境货物，检验检疫合格后，检验检疫机构签发《出境货物通关单》,货凭主凭以向海关办理通关手续；产地与报关地不一致的出境货物，在产地报检合格取得《出境货物换证凭单》或“出境货物转单凭条”,货主凭《出境货物换证凭单》或电子转单信息在出口口岸的检验机构换取《出境货物通关单》,再凭此向海关办理通关手续。对出境货物检验检疫不合格的，检务部门出具《出境货物不合格通知单》。属合同、信用证规定由检验检疫机构检验出证，或国外要求签发商检证书的，应根据合同、信用证规定签发所需证书。
为了确保检验检疫机构对出入境货物的有效监管，加快进出口货物的通关速度，国家质检总局和海关总署开发了电子通关单联网核查系统，于2008年1月1日在全国检验检疫机构和海关正式实施。通关单联网核查是依据“先报检、后报关”原则，检验检疫机构和海关对法定检验检疫进出口商品，实行出(入)境货物通关单电子数据与进(出)口货物报关单电子数据的联网核查。
实施联网核查后，检验检疫机构在签发纸质通关单的同时通过质检电子业务平台、经电子口岸信息平台向海关发送通关单电子数据，企业取得纸质通关单后，按规定向海关办理报关时，海关将电子报关数据与通关单电子数据进行比对，比对一致的海关凭纸质通关单验放，比对不一致的海关做退单处理。与传统的没有与海关联网的通关方式相比，采用通关单联网核查不仅方便了企业，提高了通关速度，实现了信息的快速共享，而且还可以有效地遏制不法分子伪造、变造通关单的不法行为。
