国境站分为出口国国境站和进口国国境站，如果涉及过境运输，还包括过境国国境站。国境站货运代理的主要功能是单证审核、货物报关、货物与车辆交接、货运事故处理以及支付费用，其中货物与车辆交接一般在接方国境站办理，也可在发方国境站办理。本节按照一个过境国，货物换装分别在出口国(发方)国境站和进口国(接方)国境站办理讲解。
1.出口国国境站货运代理业务流程
1)审核单证
依据国际货协运单，审核出口货物报关单、装箱单、商品检验证书等随附单证是否齐全、内容是否正确。如运单内容中发货人填写项目有差错，则联系发货人并按其通知予以修改更正；若运单内容中发运站或铁路填写内容需要修改，则由国境站联系发运站并按发运站通知办理；若出口货物报关单内容有差错，则按运单内容予以订正；若商品检验证书需要修改，则由出证单位(发运站商品检验局)通知国境站商品检验或检疫总站办理。单证审核通过后，方可放货。
2)货物出口报关
有些内地海关往往不准予货物在发运站报关，其理由是有些货物无法装载在具备密封条件的棚车或集装箱中，此时货物在国境站出口报关。国境站货物出口报关以由发货人填制的随车运来的出口报关单为报关依据，并以随车运来的国际货协运单和商品检验证书等作为报关随附单据。
3)货物交接、支付换装费
货物交接指两国铁路凭交付方填制的货物交接单办理货物交接手续。货物交接包括凭铅封交接和凭实物交接两种方式。凭铅封交接指根据铅封的站名、号码或发货人进行交接，主要针对有铅封的棚车、冷藏车、罐车货物。按实物交接分为按货物重量、按货物件数和按货物现状三种交接方式。按货物重量交接主要针对敞车、平车所装运的散装货物；按货物件数交接主要针对不超过100件的整车货物；按货物现状交接主要针对难以查点件数的货物。
原车过轨的货物不需要安排货物换装或更换轮对。对于需要换装的货物，则需要安排货物在国境站换装场的换装作业。两国铁路凭货物交付方填制的车辆交接单办理换装手续，货运代理向国境站支付换装费。
4)处理货运事故
货物换装交接时，如发现货物短少、残损、污染、湿损、被盗等事故，货运代理会同铁路查明原因，分清责任，分别加以处理。属于铁路责任时，提请铁路编制商务记录，并由铁路负责整修，货运代理协助解决。属于发货人责任时，货运代理负责整修，但由发货人负责相关费用；货运代理无法整修的，由发货人到国境站指导或运回发货人处整修。商务记录是国际铁路联运事故处理和保险索赔的法律文件。
2.过境国国境站货运代理业务流程
过境国国境站分为办理进境的国境站和办理出境的国境站，分别按照单证审核、货物报关(进口或出口)、货运事故处理以及支付过境运输费用的流程办理业务，其办理方法与出口国国境站货运代理业务基本相同。
3.进口国国境站货运代理业务流程
进口国国境站货运代理按照审核单证、货物进口报关、货物与车辆交接、货运事故处理、支付费用以及货物分拨分运的流程办理相关业务。其中前五项同出口国国境站货运代理业务基本相同，不同之处在于需要办理进口货物分拨分运业务。
到达站货运代理业务流程
1.寄送国境站相关资料
除非个别单位在国境站设有分支机构，否则不得以我国国境站作为到达站，也不得以对方国境站作为到达站。作为到达站货运代理，需要将合同副本、交货清单、补充协议书、变更申请书、确认函电等寄送进口国国境站，以便其办理交接业务。
2.支付运费、提货
铁路到站向收货人或其货运代理发出到货通知，收货人或其货运代理支付国内段运杂费，铁路将货物及国际货协运单第一联(运单正本)和第五联(货物到达通知单)一同交给收货人或其代理，收货人或其代理在国际货协运单第二联(运行报单)上加盖收货戳记。
