目前，国际物流合同的内容并无统一的规定，实践中的物流合同一般包含如下条款。
1.服务范围
物流经营人在提供物流服务时可能涉及如下内容：承接物流系统开发、物流策略订立，物流信息管理系统开发与信息管理、数据交换网络功能开发与维护，物流单证设计和物流业务管理，货物运输服务(包括承运人选择、货运代理、进出口报关等),承接中介、对外谈判和合同签订业务，咨询业务，综合物流业务等。因此，物流经营人与客户第一次合作签订合同时，一定要对“服务范围”给予一个明确的界定，包括如何为客户提供长期的物流服务、服务的具体内容、服务到何种程度及服务的期限。“服务范围”应详细描述有关货物的物理特征，所有装卸、搬运和运输的需要，运输方式，信息流和物流过程中的每一个细节。
2.合作方式和期限
物流经营人以哪种运营模式向物流需求者提供服务，是仅提供运输、仓储等单一或者少数物流功能的组合服务项目，还是提供实物运输、仓储、配送、分销、流通加工、采购、咨询和信息以及其他增值作业等服务，或者是物流需求者与物流服务提供者建立长期物流合同形成一体化供应链物流方案，根据集成方案将所有物流运作以及管理业务全部交给物流服务提供者。
3.服务所应达到的指标
物流服务具有很强的技术性，当事人要么在物流合同中详细约定服务技术指标，要么另行签署服务水准协议书。服务水准协议书不仅能提供衡量服务方面的基础，它也是服务供应商和客户间一种有力的管理沟通工具，协助达成两者的共同利益。服务水准协议书通常作为合同的一部分，合并在合约内。
服务水准协议书通常包括绩效评价指标、评价次数、评价日期和需要提交的报告，以及对不良绩效的制裁等。
4.费用结算与支付
物流合同必须详细地约定收费模式、发票格式、开立地点、开立频率、每季或每月开截止日、处理有效发票的方式、审核发票的期间、付款时间、付款方式，以及有关发票和付款发生争议时的处理流程等。
目前，比较通用的模式有：固定价格收费、成本补偿收费，以及利润共享或几种形式的混合等。限于篇幅，以下仅对固定价格收费和成本补偿收费两种形式作简要说明。
(1)固定价格收费。在固定价格收费模式中，客户同意付给物流经营人约定的价格，即费用包干。这种收费模式，对于客户来说是低风险的，因为不管物流项目实际耗费了物流商多少成本，客户都不必付出多于固定价格的部分。然而，对于物流经营人来说是高风险的，因为如果完成项目后的成本高于原计划成本，物流商将只能赚到比预计要低的利润，甚至会亏损。投标于一个固定价格的物流项目，物流经营人必须建立一种精确的、完善的成本预算，并把所有的偶然性成本都计算在内。同时又必须小心，不要过高估计申请项目的价格，否则别的物流经营人将会以低价格而被选中。
(2)成本补偿收费。在成本补偿收费模式中，客户同意付给物流经营人所有实际花费的物流成本，加上一定的协商利润，而不是费用包干。这种收费模式，对客户来说是高风险的，因为在项目执行时有很多意外的支出，物流经营人的实际花费可能会超过预计价格。例如，物流经营人原来对数据库建设项目的预算可能没有考虑到企业基础数据整理和数据输入的工作，而这些工作必须完成，数据库才能通过验收。于是最后客户不得不因此增加对本项目的预算外的支出。在成本补偿收费模式中，客户通常会要求物流经营人在项目整个过程中，定期地将实际费用与原始预算作比较，并通过与原始价格相对照，再预测成本补充部分。这样，一旦项目出现超过原始预算成本的迹象，客户就可以采取纠正措施。这种收费模式对于物流经营人来说是低风险的，因为所有增加的成本都会由客户补偿。物流经营人在这种收费模式下不可能会出现亏损。然而，如果物流经营人的成本确实超过了原始预算，物流经营人的名誉就会受到损失，从而又会使物流经营人在未来赢得合同的机会降低。此外，为了保证成本的真实性，合同中通常约定物流经营人不得谎报成本，否则应受到相应的惩罚。
5.奖金或罚款
有些物流合同约定奖金条款，如果提前或高于客户要求的服务标准完成物流项目，客户将付给物流经营人奖金。另一方面，有些物流合同会涉及罚款条款，如果项目到期没有完成或者物流经营人的绩效不良，客户就将减少付给物流经营人的最终款额。在实践中，除了严重违约并造成巨大损失的非常事件可以约定终止合约之外，对于其它轻微失常的事件，合同可以采用计点扣分的方式。所谓计点扣分是指客户在考虑各种失常的性质和严重性、彼此对失常的忍受水准、物流经营人修正的速度和效率，以及此失常是“首次违约”还是普遍发生的状况等因素之后，为每个指定的服务包含某一范围的计分点，这些计分点随着物流经营人未能符合服务标准而累积，客户把这作为物流经营人的服务信用，再从每月应付费用中扣除。因此，如果物流经营人引起过多的问题；将会得到较少的报酬。
6.义务限制
这是为了保护物流经营人的利益而设立的条款。物流经营人在物流合同中轻易不要承担严格责任制条款，而要争取过失责任制条款。换言之，物流合同轻易不要订立那种没有除外责任、没有责任限额的条款，否则可能会发生收取很少的费用而承担无限的责任，甚至赔偿整个货价的现象。
7.对物流经营人财务能力的监控
这是为了保护客户(物流需求者)利益而增加的条款。物流合同本身并不能保障物流经营人不发生财务问题，即使最佳的合约，也不能防止因人为过错、经济因素或其他可能导致物流经营人财务问题原因的破坏。然而，如果合同中约定了监控和分析物流经营人财务状况的一些流程，至少能增加将潜在问题辨别出来的机会，以便客户能采取必要的措施，将影响减至最低。这些流程包括约定物流经营人必须提供大量的相关信息，比如，财务报表、商业计划、任何诉讼的细节，以及物流经营人其他大型合同的终止细节等。这样，客户可分析这些信息，以判断物流经营人财务是否健全。
8.合同变更
在合同履行过程中，基于需要增加或剔除原先的服务范围、价格调整或者澄清原先暖昧不明的内容等原因，双方或一方可能期待合同随时间变动，这对期限较长、未有具体外包标准以及IT等软件服务合约更需要持续不断地协议和变动。因此，合同中有必要对未来变更合约的内容和流程作出相应的约定。具体而言，合同变动控制流程至少应涵盖如下几个方面：(1)双方代表无法在合同期间取得共识的问题，呈报给个别管理高层的流程。(2)处于议价强势的一方，不得滥用其优势来对抗较弱的一方的流程。比如，约定物流经营人可以对客户开放账册、展示成本和利润，让客户了解其所提供的报价是合理的等等。(3)有关合同变更的流程议定，即合同中应注明任一方该如何发起再协议的动议和另一方该如何回应的程序。
9.合同终止
当事人可以在合同中约定何种情况下解除合同(比如，当出现物流经营人在执行项目过程中发生严重错误，或物流经营人因某种原因不能继续履行合同，或客户因特殊原因改变计划等时，客户有权解除合同)以及双方违约责任的承担。此外，合同还应对此引发和完成合同终止的所需程序，以及物流经营人的退出手续等予以约定。
10.报告和审核
虽然物流业务外包，但客户仍需对自有的商业活动负责，并负有持续追踪资产的义务。因此，物流合同一般会要求物流经营人向客户提供一定范围内相关事项的定期报告，以及客户拥有对物流经营人的记录进行审核的权利。比如：
(1)物流动态报告。
(2)成本超支或进度计划延迟的通知。在某些电子商务项目中，特别是物流软件开发类项目，成本的超支或进度计划的延迟现象经常会发生。一旦出现实际成本或预期成本将超支或进度计划将延迟的迹象，物流经营人必须通知客户，并提交书面的原因及书面纠正措施计划，以使成本回到预算内或进度计划回到正常轨道上来。
11.信息的机密性和安全性义务
物流合同需要明确是否禁止任何一方向其他方面透露有关该项目的情况，或把项目有关机密信息、技术或该项目中另一方的工作过程用作其他用途。物流合同一般要对保密资料进行定义，例如对一个物流项目来说，可能会这样定义：“保密资料是指财务资料、企业计划、业务流程、技术资料或其他另外指定为保密的材料。”
合同中除了应该要求签约各方严守彼此信息的机密性之外，还应确保签约各方的员工、承包商和顾问等坚守此项义务，并承担违约责任。同时，合同还应要求签约各方，无论是纸张记载或电子往来的信息，都应严守其安全性。
12.物流经营人派驻人员
某些大型的物流合同，物流经营人通常会指派某些员工长期派驻在客户的办公室或工作站内，此时合约多半会有一份涵盖办公室占用，以及派驻在客户工作站内的员工数量和这些员工在客户工作站内因执行公务伤亡或生病时的赔偿责任由谁承担等在内的条款。
13.客户提供的设备及信息
合同条款应注明客户在项目全过程中将提供给物流经营人的所有设施和资料以及客户将这些设施和资料交给物流经营人的日期。这项条款保护了物流经营人的利益，避免由于客户的设备、信息或其它东西的耽搁，而导致进度计划中时间的推后。万一这种情况发生，责任应由客户负责。
14.专利
涉及到可能在执行项目时产生的专利的所有权问题，合同要写明客户以什么方式和在什么时候向物流经营人提供工作作品，工作成果是如何被检验、接受或拒绝。如果工作产生了专利成果，成果的所有权归属于谁。如果在工作中应用了第三者的专利，又由谁向第三方付款。
15.国际化考虑
对于国际物流合同而言，还应当适应来自国外的客户。为外国客户执行项目的合同或是部分项目在国外执行的合同，可能会要求物流经营人作一些适应性工作，例如：
(1)注意特定的假日和工作习惯；
(2)客户所在国的物价水平，以及合同中涉及的劳动力或原材料的成本在该国的对比价格；
(3)用客户的语言文字提交项目文件，例如手册或报告。
16.转移计划
物流合约生效后，客户原先的物流业务将由自营转为外包，这其中既涉及到物流业务活动
的有效衔接，也可能牵涉到资产和/或员工的转移。因此，物流合约中必须对这种转移计划的细节进行详细约定。合约中除了包括转移阶段所需的时间表、双方沟通计划之外，还应包括对物流经营人该如何接管物流服务并达到成效，以及客户该如何做好被转移员工的心理准备和及时转移设备与资料等。此外也包括被转移员工的权利、训练，以及被转移设备的保养维护、租购等等。
