船舶进出各国港口，常因各国具体情况和主管机关要求的不同，而使所需办理的手续和办理船舶进出港口手续时所使用的各种单证有所不同。在我国，不论是航行于国际航线的国轮或是外籍船舶，进出港口都需要接受边防、检疫、海关、海事等监管机关的检查，向边防、检疫、海关、海事和港口当局办理进出港的各项手续，并取得各种必要的单证。
1.向港方申报进港靠泊计划
计划调度应向港务局调度和货商处分送船舶抵港动态资料、进出口货运资料、装货使费通知单等资料，以便安排靠泊作业等。对于进口集装箱货物，代理应在船抵港前(远洋航线在船抵港前7天，近洋航线在船抵港前24 h),向码头、理货提供进口舱单、进口船图、集装箱清单、危险货物清单、集装箱残损单；对于出口集装箱货物，船公司一般应于装船前8天提供出口用箱计划、出口装货清单、预配箱清单等必要的货运单证；对于船载危险货物，还必须向码头提交海事局核发的“危险货物载运申报单”。计划调度应将预计的靠泊、卸货计划通知客户。
2.向联检机关办理船舶进港手续
对于从事国内运输的船舶而言，进出港手续较为简单，只要符合海上交通安全获得海事局的签证和获得港口有关方面的靠泊安排手续即可靠泊进行装卸货作业或离泊出港。而对于从事国际航行的船舶则还必须获得海关、边防、卫检等检查检疫机关许可后才能进出我国的港口。从20世纪50年代开始，我国对国际航行船舶出入境检查实行由海事、海关、边防和卫检组成的联合检查机构派员集体登船的方式(俗称“登船联检制度”),并规定进口船舶未在锚地办妥联检不能靠泊。这意味着即使港口存有空闲的泊位可以立即安排船舶靠泊装卸货，但如船舶未办妥联合检查的手续，则不能靠泊装卸货，这大大影响了船舶的周转。为此，国务院于1995年3月21日发布并实施《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》(以下简称《口岸检查办法》),对国际航行船舶进出我国口岸的检查方式和办法作了较大改革，取消了“登船联检制度",改为“陆上申报制度"。为此，很多港口成立了“国际航行船舶报检中心”,将口岸的主要监管单位集中在一起办公，以方便进出口船舶的联系与申报。同时，鉴于我国政府正式批准加入的《1965年便利国际海上运输公约》已于1995年3月17日对我国生效，我国口岸检查机关于1995年6月29日联合发布了《关于启用船舶入出境检查单证新格式的通知》,决定自同年9月1日起在全国同时启用新的、由中国船务代理公司按标准格式统一印制的新单证，不再接受旧单证或自行印刷的单证进行申报。
以下为《口岸检查办法》和有关新单证的基本规定：
(1)口岸检查机关为海事、海关、边检、卫检和动植检。其中，海事负责召集有其他检查机关参加的船舶进出口岸检查联席会议，研究、解决船舶进出口岸检查的有关问题。
(2)航行国际航线船舶进出我国口岸，在船舶预计抵达口岸前规定的时间，由船方或其代理办理进出口岸手续。除来自疫区的船舶或其它特殊情况外(见下面第7条),检查机关不登船检查。
(3)船方或其代理应当在船舶预计抵港前7日(如航程不足7日，则应于驶离上一港时),填写“国际航行船舶进口岸申请书”一式两份，报请海事局审批。拟进入长江水域的船舶，船方
或其代理应当在船舶预计经上海港区前7日(航程不足7日的，在驶离上一口岸时),填写“国际航行船舶进口岸申请书”,报请抵达口岸的海事局审批。经批准后，一份海事局留存，另一份返还船代。
(4)船方或其代理应当在船预计抵港前24 h(在航程不足24h时，应于驶离上一港时)将船舶抵达时间、停泊地点、靠移泊计划、船员与旅客的有关情况、船舶装卸货物和物品的时间报告检查机关，
(5)船方或其代理在船舶抵达口岸前未办妥进口岸手续的，须在船舶抵达口岸24 h内到检查机关办理进口岸手续。船舶在口岸停泊时间不足24 h的，经检查机关同意，船方或其代理在办理进口岸手续时，可以同时办理出口岸手续。
(6)船方或其代理在船舶抵达口岸前已办妥进口岸手续的，船舶抵达后即上下人员、装卸货物和物品；对于船方或其代理在船舶抵达口岸前未办妥进口岸手续的，分两种情况。①如果进出的上一口岸为我国口岸，运输抵达后即可上下人员，装卸货物、物品，但应立即办理进口岸手续。
②如果进出的上一口岸为境外口岸，除了检查机关办理口岸检查手续的工作人员和引航员外，其他人员不得上下运输工具，不得装卸货物和物品。
(7)持有卫生证书的船舶，船方或其代理可以向卫生检疫机关申请对船舶实施电讯检疫。但对来自疫区的船舶，载有检疫传染病染疫人、疑似检疫传染病染疫人、非意外伤害而死亡且死因不明尸体的船舶，未持有卫生证书或者证书过期或者卫生状况不符合要求的船舶，卫生检疫机关应当在锚地实施检疫。对于来自动植物疫区的船舶和船舶装载的动植物、动植物产品及其它检疫物，动植物检疫机关可以在锚地实施检疫。
(8)船方或其代理应当在船舶驶离口岸前4h内(在港口停泊时间不足4h的，在抵港时),到检查机关办理必要的出口岸手续。有关检查机关应当在“船舶出口岸手续联系单”上签注。船方或其代理持“船舶出口岸手续联系单”和海事局要求的其它证件、资料，到海事局申领出口岸许可证。船舶领取出口岸许可证后，情况发生变化或者24 h内未能驶离口岸的，船方或其代理应当报告海事局，由海事局商同其他检查机关决定是否重新办理出口岸手续。
(9)对于定航线、定船员并在24h往返1个或1个以上航次的国际航行船舶，船方或其代理可向海事局书面申请办理定期进出口岸手续，海事局与其他机关审查批准后，可签发有效期不超过7天的定期出口岸许可证，在许可证有效期内，对该船免办进口岸手续。
(10)对于以下情况，海事局可商请有关检查机关集体登船办理船舶进出口岸手续：①定期客班轮、旅游船；②废钢船；
③进出非开放港口、水域船舶；④不靠岸的海上作业船；⑤应船方或其代理要求；
⑥其它需要集体登船办理进出口岸手续的情况。
(11)船舶抵港时，需要填报的单证：
①“总申报单”(代替原进口报告书)5份，递交海事、海关、边检、卫检、动植检各1份。②“货物申报单”4份，递交海事、海关(附“载货清单”2份，无进口货物的，交“无货清单”)、卫检、动植检各1份。
③“船舶物品申报单”3份，递交海关、卫检、动植检各1份。④“船员物品申报单”2份，递交海关、边检各1份。
⑤“船员名单”4份，递交海事、海关、卫检各1份，边检1份(外国籍船舶2份，其中1份可为复印件)。
⑥“旅客名单”3份，递交海关、卫检各1份，边检1份(外国籍船舶2份)。⑦“航海健康申报书”1份，递交卫检。
此外，在办理船舶进港查验手续时，船方或其代理除了应向海事局递交前述的单证外，还需要递交“船舶概况报告单”、“亚太地区港口国监督检查报告”、“上一港口的出口岸许可证”等海事局所要求的其它文件。
(12)船舶离港时，需要填报的单证：
①“总申报单”(代替原出口报告书)5份，递交海事、海关、边检、卫检、动植检各1份。②“货物申报单”4份，递交海事、海关(附“载货清单”2份，无出口货物的，交“无货清单”)、卫检、动植检各1份。本港无装货时，此单证免交海事局。③“船舶物品申报单”1份，递交动植检。
④“船员名单”4份，递交海事、海关、边检、卫检各1份。船员无变更时，此单证免交海事局、海关、卫检。⑤“旅客名单”3份，递交海关、边检、卫检各1份。旅客无变更时，此单证免交卫检、海关。
根据以上规定，为了加速通关和卸货，代理应预办下列各种手续。
(1)向边防机关预办船员入境手续，以便船抵港后船员能及时上下船。
(2)向卫检机关办理电讯检疫手续。根据我国卫生部制定的《国际航行船舶电讯卫生检疫规定》,船舶电讯卫生检疫的基本要求与程序如下。
①根据该规定，只有持有我国卫生检疫机关签发的有效的“船舶卫生检疫证书”的船舶，才可在我国沿海港口申请船舶电讯卫生检疫。
②实施电讯卫生检疫的船舶，至少应在船舶抵港前36h,通过港口船舶代理向口岸卫生检疫机关报告如下内容。
a)船名、国籍、船员人数、离开最后挂靠港的港口名称和日期、预计到港时间。
b)船上有无病人，如有病人，其主要症状。
c)除鼠或免予除鼠证书的签发港和签发日期、卫生证书编号。
d)抵达口岸时，船上食品、饮水和压舱水装载港名及装载地点和日期。③如果遇有下列情况之一者，船方也应一并向口岸卫生检疫机关报告：
a)船上曾有过或现有呕吐、腹泻、急性皮疹、黄疸、高热和腹股沟淋巴结肿痛等疑似检疫传染病症状的病人；
b)船上有啮齿动物的反常死亡；
c)船上载有死因不明的尸体。
④口岸卫生检疫机关认为必要时，在船抵港前4h,对某些情况可以采用无线电话进行询问，船方应如实地回答口岸卫生检疫机关的询问。
⑤船方在得到口岸卫生检疫机关同意本航次实施的电讯检疫的无线电话或电报答复后，方准进港。如果回复不同意本航次实施的电讯检疫，则仍需在检疫锚地抛锚，实施卫生检疫。⑥船舶取得口岸卫生检疫机关的电讯检疫许可后，可以解除检疫信号，无需再办理任何检
疫手续，船舶抵港后，卫检人员签发“船舶进境卫生检疫证”。
(3)向海事局办理危险货物卸货签证手续，一般应于船抵港前3天办妥。
(4)向海关办理申请准予卸货的手续。持进口载货清单、进口舱单等所要求的单证(如无进口载货清单或不齐全，则需要出具保证函)向海关办理卸货手续。
3.向港方办理船舶进港作业
船舶抛锚后，船代调度应记录船舶的抛锚时间、锚位，核实船舶规范的必要项目，记入调度日志，录入计算机，并通知海事、港调、卫检等部门，询问各检查机关是否需要在锚地登船查验。如果需要，则应通知船长作好准备，并安排上船检查人员所需的拖船。如果港调允许船舶靠泊装卸货，除了应通知船长作好准备外，还应与引航站、轮驳公司联系以安排引航员、拖船等事宜以便靠泊。同时还应向委托人发送指示电文，并将此情况通知发货人(收货人)等相关部门，以便准备装卸货。
4.船靠泊后，船代外勤人员应随同检查人员上船，与船长交换单证，核实了解有关情况
5.办理联检、验舱
(1)必须在船抵港24 h内到检查机关办理进口手续，并交纳有关费用(如船舶吨税、检疫费等)。
(2)对于装货或卸货前，需要办理商检、海事机关验舱、验货事宜，应予以办理以便装卸货；对于无进口载货清单或不齐全的，可视必要在由收货人向海关出具保函后先行卸货，但必须在卸货后24h内补交完整的进口载货清单。
