如前文所述，我们看到：①自然风险仍然是影响涉农供应链稳定的重要因素。自然风险会加剧供应和价格波动，影响ARSC中组织间关系和物流的稳定，同时影响资金流的顺畅。②普遍的资金流问题在涉农供应链中频频出现。融资困难、现金流不畅，严重阻碍涉农链各节点业务的有效开展，既影响物流效力，又限制了相关节点应对和抵御自然风险时的资源动员能力。③物流大环境问题和龙头企业物流能力问题仍然突出。涉农供应链的供应、库存和需求的平衡，以及整个涉农链的反应模式存在问题。④农产品(食品)安全/质量风险问题尤其突出。其最危险的后果在于使涉农链相关节点“突然死亡”(品牌价值、顾客满意度和顾客忠诚度的不正常超速归零)。安全/质量风险引发的另一问题就是，加剧信息不对称环境下消费者参与的产品保质期/货架期决定的逆向选择，形成消极的共同知识(CommonKnowledge)怪圈。
尽管涉农企业面临种种问题，但从SCM“面向用户，快速响应”的本义，及战略视角考虑，特提出涉农供应链治理和改善的基本框架。
这一框架的核心思想的总结，来自于对实践现状的剖析和对SCM理念的演绎。即认为：保持涉农供应链必要的稳定性，是其效率提升的基础；而效率的提升，反过来促进其增强ARSC稳定性的资源动员能力和调整空间。这一框架并不打算穷尽所有可能的问题，而是更为关注极其现实的问题。ARSC是一个对自然环境和社会规制体系高度依赖/敏感的系统，它不应该是一个建立在沙地上的大厦。当然，这里的基础性问题与效率问题是可以相互影响和转化的。对ARSC的治理和改善意味着如下一些更为具体且复杂的工作。
1)加快农业高新技术在涉农供应链中运用的广度与深度
自然风险是影响ARSC稳定性的一个重要的基础性问题，也是一个迫切需要治理的领域。而21世纪以来农业高新技术的迅猛发展，客观上提供了涉农供应链优化改善以及高层次、高精度发展的基础条件。
2)加强农业体制创新，进一步推进农业产业化经营
涉农产业在农业产业化框架下进行的供应链实践，是以“农业产业化经营”为依托和支撑的，并包含有“农业产业化子链(局部)”的涉农链(张晟义，2004)。与基于纯粹的市场交易或契约行为所形成的传统涉农链相比，具有很明显的稳定优势。
首先，农业产业化经营有利于稳定供应源，使涉农链全程协调和集成有一个坚实基础。农业产业一体化组织联接模式再与涉农技术进步与创新相结合，则有利于最大限度地增强涉农链的稳定性，极大地削减和降低涉农行为、自然、市场等风险造成的涉农链上游供应环节的不稳定和高度不确定性状态。这已被伊利、光明乳业、双汇、雨润等龙头企业的实践一再证实。
其次，涉农产业在农业产业化经营方式下导入SCM具有诸多优势。农业产业化龙头企业享有国家或地方的诸多政策倾斜、资金扶持、管理与技术支持等。伴随2000年国家八部委公布第一批151家农业产业化国家重点龙头企业，以及2009年农业部等九部门联合公布第四批农业产业化国家重点龙头企业名单，相应的财税、信贷、配股融资等方面的强力支持措施也不断跟进和完善。另外，各地在制定农业发展规划时也都将农业产业化龙头企业作为解决三农问题的战略棋子来考虑。
这些优势同样有助于一个个居于主导地位的、具有较强的领导能力、凝聚力、管理能力及信息化基础的龙头企业的塑造，使龙头企业更易于成长为SCM所定义的核心企业，以降低行为和契约因素造成的不确定性。
3)建立具有针对性的涉农供应链不确定性管理机制
对于涉农供应链这样一种“生产商与消费者双驱动模式”特征明显的非线性系统，降低供应链管理不确定性影响的措施必须具有针对性。而且，无论管理哪一类不确定性，信息系统等硬件和有形的安排必须与基于SCM的关系管理相结合，涉农供应链成员都需要在不断的磨合中加强同步运作和战略协同。这意味着各方在计划、组织、市场预测、研究开发等方面全方位开展配合与互相支持。涉农链上游供应环节方面的工作低劣，既极大地影响供应链目标的实现，也制约了整体竞争力的提升。对涉农链下游不确定性管理的失败，既可能造成整个链的低效，也可能瓦解涉农链的组织基础(涉农链中最易受伤害的是农户集合)。
对来自涉农链下游各级需求端的不确定性，核心(龙头)企业的当务之急是建立一种能够敏锐把握各级用户需求(特别是最终用户)的机制。可采取的措施包括：加强信息化改造，利用现代信息技术对供应链业务过程进行再设计，精简冗余环节，加快信息流动合理化，以便营造良好业务环境。利用电子商务手段管理并优化整个涉农链体系，加强涉农链各合作伙伴在信息共享基础上的业务协同，迅捷了解客户需求变化信息并进行快速响应；避免需求信息逐层传递造成的信息延迟和信息偏差累计效应造成的库存浪费。
对涉农链上游不确定性，强化农业产业化经营成为核心企业(龙头企业)首要而现实的选择。其他可采取的措施包括：进行BPR,精简供应链，消除冗余环节，尽可能使流程合理化。增大必要的安全库存，建立冷链系统。对涉农链上游农业原材料及产品而言，库存仍是防止不确定性的一种最常用而保险的措施。选择供应商和建立农产品加工厂时注重地理布局的优化。应建立一种针对农业物流与农业生产过程同一性的早期发现和解决问题的风险预警机制。尽可能将农业原材料生产和供应方面的问题及时就地解决，而不影响下游业务，以免形成“蝴蝶效应”。对产品的生产、包装和运输进行TQM。对生产设备和运输工具进行管理和维护，降低故障率，增强可用性，优化分销网络和运输路线。
如果农户集合组织过于涣散，而导致涉农链上游的上游(即农业投入物阶段)出现问题，核心企业可越过之与农业投入物生产商接洽，以降低和阻止种子、化肥等农资问题引发的不确定性向下游扩散和叠加。
需要指出的是，降低涉农供应链上游不确定性的任务尤为艰巨和重要。这里，单纯的管理改造、组织磨合、资源投入或者单纯的农业技术创新，均对降低涉农供应链供应环节不确定性有贡献，但贡献呈边际递减之势，受农业生产自然再生产和社会再生产二重性影响，还将是迅速递减。因此在供应链管理和农业技术创新有机结合的基础上，寻找一个平衡点，将利于经济地最大限度地降低不确定性。当然这一过程中龙头企业与农户，首先应综合评价双方的整合实力和能力，并参照供应链计划和竞争战略，来确定对不确定性的容忍程度。
4)时间竞争与农业过程的适度柔性化
典型的涉农供应链中，农产品从“田间到餐桌”的运动中农业生产时间远远大于后续物流与生产时间总值。当整个链根据最终用户需求从下游向上游进行拉动响应时，在两类制造业与农业环节之间存在着一个速度陷区(或者说反应迟缓区)。它在本质上源于农业生产与工业生产和流通生产的周期差异，以及农业生产与工业生产可控性上的差异。农业环节成为制约整个链反应速度的瓶颈区域的事实，决定了填补速度陷区成为基于SCM的供应商发展(Supplier Development)的一项主要任务。伴随着农业投入物供应物流时间和农业销售物流时间(广义)从刚性点阵的两端压缩，农业生产过程时间缩减的必要性便上升到显著位置。填补涉农链时间竞争的速度陷区意味着必须首先做出评估：即农业总周期缩短和反应能力增强所带来的绩效能否抵偿用以填补速度陷区所需的高昂关系管理费用及科技创新成本。很明显，这种评估只有置于供应链管理的全过程成本(Total Cost)框架中才有意义。
另外，时间竞争的概念意味着涉农链的稳定态应由低层次向高层次的发展，能经受“速度”的考验。显然，对不确定性的管理也相应由分段管理模式向一体化集成方向发展，这当然意味着对涉农链中管理上游“生产调整”型不确定性和下游“消费驱动”型不确定性所涉及的各类资源、能力和沟通机制的重整。目前，构建ERP系统成为国家级农业产业化重点龙头企业供应链实践和时间竞争的主要方式。此外，由于涉农链时间竞争的双向性，因而农业过程的适度柔性化一方面服务于涉农链时间竞争的要求，另一方面服务于涉农链的稳定性目标。农业生产及农业生产物流过程存在着诸多刚性因素，加上需求信息调节滞后性的制约，决定农业过程只能是适度的柔性化。而且还必须与涉农链的整体战略相匹配，否则基于柔性要求的转换就会很困难或者没有价值。
5)建立基于涉农链视角的、内外在机制相结合的物流改善模式
涉农供应链物流改善的基本思路，一是强化涉农链上非可控领域的协调机制，这引发对传统关系改变的需要，可通过关系深化来达成物流操作层面的可控性和稳定。二是加强对企业可控领域的物流提升和管理再造。三是对涉农链所依存的
第三方物流环境的清醒认识，准确判别和利用。但是，无论哪一步骤都必须针对农业生产和涉农物流客体的特性。在具体运营中，农产品物流改善及增值服务，应该从影响农产品物流的内在、外在机制入手，综合运用而达成。
“上报”问题及治理失衡下供应链布局无效率
1)关于“带动”农户数及“上报”问题
调研中了解到，涉农企业中存在两本账情况。在某些内容条目上，个别①企业上报给省一级，然后汇总至国家农业部农业产业化办公室的报表，与其正式财务报表不符。也与其上报给省一级农业厅、食品工业协会等机构的报表内容不符。此外，这几条上报渠道各自独立，很少沟通和互相对照。南方某省食品添加剂协会的一名副会长说：“它们(龙头企业)通常有三套账，有报税务部门的，有报奖用的，还有搞财政贴息贷款用的”。
带动农户数是个重要指标。但是，龙头企业理解的“带动”,其范围很大，包含了更多的间接带动。对四川、湖北及浙江三省的调研中，一些企业的采购人员坦承，他们把与二道贩子打交道的农户数统统列入“带动”数，至于下一年还能否“带动”就很难说了。
2)关于治理结构失衡与供应链布局的无效率
研究认为，某些涉农企业并未形成规范的产权和治理结构。特别是某些农业上市公司，摊子铺的太大，效率低下。同时，个别企业为了获得流转税、所得税政策优惠，在财务方面弄虚作假。甚至有一些企业通过关联交易等黑幕手法，转移、侵吞国有资产，侵害中小股东的利益，因此导致一些农业基地或涉农加工项目名存实亡，只是一个圈钱的幌子。
深圳证券交易所综合研究所的一项研究显示:从1999年至今，因各种违规行为，在深沪上市的农业产业化龙头企业中有10家受到证监会的“公开处罚”;4家企业受到证监会的“公开批评”;荣华实业等17家公司共23次受到上交所或深交所的“公开谴责”;其中不乏“蓝田股份”、“草原兴发”、“秦丰农业”等大案要案。而每次大案要案的发生和披露都伴随着上市公司业绩的巨亏和股价的暴跌，给投资者带来了巨大的损失。
我们认为，在涉农领域某些治理层面的问题，一开始就使供应链优化处于不利境地。从理论上，我们可能无法用产业经济学或交易成本理论等任何一种理论去有效解释现实中某些龙头企业向上游或下游的带有一体化性质的扩张行为；而本质的解释就是，一些在非规范环境下做出的，基于寻求非法/非正当利益的决定，一开始就背离了优化之路。当然，这显然属于制度经济学层面的问题，意味着需要综合的治理。由于某种原因，在此不展开讨论。
