(一)货物出库流向
对于存入保税仓库的货物其出库的流向较为复杂，一般可分为储存后原物复出口、加工贸易提取后加工成品出口、向国内销售或使用三种情况。
1.原物复出口
存入保税仓库的货物在规定期限内复运出境时，货物所有人或其代理人应向保税仓库所在地主管海关申报，填写出口货物报关单，并提交货物进口时经海关签章确认的进口报关单，经主管海关核实后予以验放有关货物或按转关运输管理办法，将有关货物监管运至出境地海关验放出境。复出境手续办理后，海关在一份出口报关单上加盖印章还货物所有人或其代理人作为保税仓库货物核销依据。
2.加工贸易提取使用
从保税仓库提取货物用于进料加工、来料加工项目加工生产成品复出口时，经营加工贸易单位首先按照进料加工或来料加工的程序办理合同备案等手续后，由主管海关核发《加工装配和中小型补偿贸易进出口货物登记手册》。然后，由经营加工贸易单位持海关核发的《登记手册》,向保税仓库所在地主管海关办理保税仓库提货手续，填写进料加工或来料加工专用进出口货物报关单和保税仓库领料核准单，经海关核实后，在保税仓库领料核准单上加盖放行章，其中一份由经营加工贸易单位凭此向保税仓库提取货物，另一份由保税仓库留存，作为保税仓库货物的核销依据。
3.转入国内销售
保税仓库的货物需转为国内市场销售时，货物所有人或其代理人应事先报主管海关核准并办理正式进口手续，填写“进口货物报关单”,其贸易性质由保税仓库货物转变为一般贸易进口。货物属于国家进口配额、进口许可证、机电产品进口管理，以及特定登记进口商品和其他进口管理商品的，需向海关提交有关进口许可证或其他有关证件，并缴纳进口关税、消费税和进口环节增值税。上述进口手续办理后，海关在进口货物报关单上加盖放行章，其中一份用以向保税仓库提取货物，另一份由保税仓库留存，作为保税仓库货物的核销依据。
(二)货物出库流程
保税货物出库的一般流程如下所示。
审核仓单——核对登账——配货备货——复核查对——出库交接——填单销账
1.审核仓单
仓库存货人或仓单持有人出库通知后，必须对仓单进行核对。因为存货人取得仓单后，可以通过背书的方式将仓单转让给第三人，也可以分割原仓单的货物，填发两份以上新的仓单，将其中一部分转让给第三人。存货人与仓储人原来所签订的合同关系被转让给部分规定适用于三人。第三人在取得仓单后，还可以在仓库有效期内，再次转让或分割仓单。但是，合同法规定存货人转让仓储物提取权的，应当经保管人签字或盖章。
2.核对登账
仓单审核后，仓库财务人员要检查货物的品名、型号、规格、单价、数量等有无错误，收货单位、到站、银行账号等是否齐全和准确，单证上书写的字迹是否清楚，有无涂改痕迹，是否超过了规定的提货有效期等。如果核对无误后，可根据凭证所列各项内容，登入商品保管账，核销储存量，并在出库凭证上批注发货商品存放的货区、库房、货位编号以及发货后应有的储存数量。同时，收回仓单，签发仓库货物出库单，写清各项内容，连同提货单或调拨单，一起交仓库保管员查对配货。
3.配货备货
财务人员转来的货物出库凭证经复核无误后，仓库保管员按出库凭证上所列项目内容和上面的批注，到编号的货位对货，核实后进行配货。
配货须坚持先进先出、易坏先出、不利保管先出的原则。货物从货垛上搬下后，应整齐堆放在备货区位上，以便刷唛、复核、交付等备货作业的进行。
备货工作主要有包装整理、标志重刷、零星货物组合、根据要求装托盘或成组、转到备货区备运。备货时，发现没有全部到齐的一票入库商，或入库验收时发现的问题尚未处理，或商品质量有异状的，要立即与存货人或仓单持有人联系，存货人或仓单持有人认为可以出库，并在正式出库凭证上签注意见后，方可备货、出库；否则，不备货、不出库。
4.复核查对
备货后仓库人员应立即进行复核，以确保出库货物不出差错。复核形式有保管员自行复查、保管员互核、专职人员复核、负责人复核等。复核的具体内容主要包括以下五个方面。
(1)认真审查正式出库凭证填写的项目是否齐全，出库凭证的抬头、印签、日期是否符合要求，复核商品名称、规格、等级、产地、重量、数量、标志、合同号等是否正确。
(2)根据正式出库凭证所列项目，与备好的货物相对照，逐项复核、检查，看其是否与出库凭证所列完全相符，如经反复核对确实不符时，应立即调换，并将原错备商品标志除掉，退回原库房。
(3)检查包装是否破损、污染，标志、箱(包)号是否清楚，标签是否完好，配套是否齐全，技术证件是否齐备。
(4)需要计重、计尺的货物，要与提货人一起过磅，或根据货物的具体情况抽磅，或理论换算重量，一起检尺码。要填写磅码单或尺码单，并会同提货人签字。
(5)复核结余商品数量或重量是否与保管账目、货物保管卡片结余数相符，发现不符应立即查明原因。
总之，复核的目的就是要求出库货物手续完备、交接清楚，不错发，不错运。出库货物经过复核无误后，方可发运。
5.出库交接
备齐货物经复核无误后，仓库保管员必须当面与提货人或运输承运人按单逐件点交清楚、分清责任、办好交接手续。自提货物待货物交清后，提货人应在出库凭证上签章；待发运货物保管员应向发运人员点交，发运人员在出库凭证上签字。发货结束，应在出库凭证发货联上加盖发讫或商品付讫戳记，并留据存查。同时，应由仓库填写出库商品清单或出门证，写明承运单位名称、商品名称、数量、运输工具和编号，并会同承运人或司机签字。出库商品清单或出门证一式三联：一联由仓库发货人员留查；二联由承运人交仓库，以便门卫查验放行；三联给承运人作为交货凭据。
6.填单销账
货物交点后，保管员应在出库单上填写实发数、发货日期等项目内容，并签名。然后，将出库单及相关联证件资料及时交送货主，以便货主办理货款结算。保管员根据留存一联出库凭证清点货垛余数，并与账、卡核对，登记、核销实物保管明细账，账面余额应与实际库存量和货卡登记相符；出库凭证应在当日清理，定期装订成册，妥善保管；在规定时间内，转交账务人员登账复核。
一批货物发完后，应根据出入库情况，对收发、保管、溢缺数量和垛位安排等情况进行分析，总结经验，改进工作，并把这些资料整理好，存入商品保管档案，妥善保存，以备日后查用。
保税仓库的仓管人员还应于每月的前5天内将上月所存货物的收、付、存等情况列表报送当地海关核查，并随附经海关签章的进出口报关单和保税仓库领料核准单等单证。
(三)货物出库中的问题处理
1.出库凭证(提货单)上的问题
凡出库凭证超过期限，用户前来提货时，须先办理手续，按规定缴足逾期仓库保管费后方可发货。提货时，如用户发现规格开错，保管员不得自行调换规格发货，必须通过有关部门重新开具出库凭证方可发货。
凡发现出库凭证有疑点，或者情况不清楚，以及出库凭证有假冒、复制、涂改等情况，应及时与出具出库单的部门联系，妥善处理。
属于商品已进库但未验收，或者期货商品尚未进库的出库凭证，一般暂缓发货，并通知货主，待货到并验收后再发货，其提货期顺眼，仓管人员不得代发待验。
2.提货数与实存数不符
商品入库时由于验收问题，增大了实收商品的签收数量，从而造成账面数大于实存数。这种情况下可采用报出报入的方法进行调整，即先按库存账面数开具货物出库单销账，然后再按实际库存数量重新入库登账，并再入库单上签明情况。
仓库保管人员和发货人员在以前的发货过程中，因错发、串发等差错造成的实际货物库存量小于账面数。如果商品尚未离库，应立即组织人力，重新发货；如果商品已经提出仓库，保管员要及时汇报，连同货主、运输单位共同协商解决。
货主单位没有及时核减开出的提货数，造成库存账面数大于实际存储数，从而开出的提货单提货数量过大。此时由货主单位出具新的提货单，重新组织提货和发货。
仓储过程中造成的合理范围内的货物损耗，应由货主单位自行承担，而超过合理范围内的损耗，由仓储部门负责赔偿。
在发货过程中发现因商品外包装破损、出现砂眼等现象，引起的商品渗漏等问题，发货时都应经过整理或更换包装，方可出库，否则造成的损失应由仓储部门承担。漏记账、错记账，一经发现，应及时汇报，调整保管账，使之与实际库存量保持一致。
