在物流服务中，人们要解决的问题不仅仅是物流在时间、空间上的安排，还要大量处理外界输入矢量之间的逻辑关系，即物流服务供应方和物流需求方之间的合作问题以及物流服务供应商之间的竞争与服务差异化问题。由于我国现代物流正处于起步阶段，企业信誉度相对较低，物流服务仍然以短期合约为主，由此加大了企业的交易费用和交易风险。
在物流服务实践中，造成交易费用增加的一个主要原因是道德风险。道德风险是信息经济学中的一个主要问题，是由于信息不对称造成的。非对称信息是指市场上交易的双方所掌握的信息是不对称的，在大多数商品和生产要素市场上，卖者掌握的信息多于买者，在物流服务市场上，物流服务供应商拥有比物流需求方更多的信息，他们拥有更多的关于自己物流服务能力资源的信息，尤其是提供物流服务所需要的无形的技能资源、物流服务的知识资源。如果双方掌握的信息不对称，市场出现问题，在此情况下所导致的均衡结果对社会来说将是一种无效率。拥有信息优势的一方，就可能产生机会主义行为，为了获得更有利于自己的交易条件，故意隐瞒某些不利于自己的信息，甚至制造虚假的信息。这种在交易前隐瞒自己掌握的信息，或利用对方知情来作出有利于自己的选择的行为称为逆选择。与隐藏信息相类似的另一类经济行为是隐藏行动，即道德风险，也是由信息不对称造成的。
物流服务联盟运作过程中，产生道德风险的原因之一在于代理人拥有私人信息，这从道德风险对策环境中可以看得很清楚：委托人与代理人签订合同后，委托人无法观察到代理人的某些私人信息，特别是代理人努力程度方面的信息。这种情况下，代理人可能利用其私人信息采取某些损害委托人利益的行为。
通过以上的分析，造成物流服务费用增加和物流产业主体利益冲突的主要原因是物流服务运作中缺乏优化、协调与控制。解决的根本途径可以从以下几个方面着手：
(1)优化物流服务运作网络，提高物流能力。提高物流服务运作能力在某种程度上能够加快物流产业的发展和降低物流服务费用。一般而言，可从两个途径提高物流服务运作效率：一是优化物流服务网络结构(网络拓扑结构、节点企业选择、流量分配),在保证物流服务可靠性的条件下，减少物流服务费用。二是加强物流服务联盟内部控制，通过联盟内部各主体能力的改善，提高物流服务质量，使联盟系统朝着有利于自身的方向发展。
(2)改变现有物流服务运作方式，强化一体化物流与供应链物流管理。改变现有物流服务运作方式，强化一体化物流与供应链物流管理可以从根本上解决物流产业分割的局面。因为现有物流服务运作模式的有效改变可以从两个方面提高物流服务运作的效率：一方面，提高物流资源的使用效率。我国物流产业的条块分割造成各行业部门之间缺乏高效衔接，物流活动效率低下，对现代物流方式进行有效整合和优化，以提高资源的使用效率，是物流服务方式改变的主要动力。另一方面，减少重复建设。减少重复建设可以直接减少物流服务费用，未来的物流服务运作，应在各参与主体核心能力培育的基础上突出各自的动态能力和优势，通过组合拍卖的基本理论，选择合适的联盟成员，通过合作，整合各自的竞争优势，减少低层次的重复建设。
(3)强化物流服务过程中各个利益主体之间的协调。产业物流服务需求方从改善产品品质、提高产品质量出发，物流服务供应商从提高物流能力，改善服务质量出发，进行长期的联盟合作，提高物流服务联盟的整体效率，但双方之间因为联盟而增加的利润，如果不能合理的分配必将会影响联盟的建立和稳定，通过联盟内部的利益转移协调能够在保证整体效果的前提下，改善各参与主体的利益。
在物流服务商服务差异化的情况下，通过有效的协调管理机制，平衡服务商之间的横向利益、服务商和物流服务需求方之间的纵向利益。
在物流服务供应商的物流能力和努力水平等信誉因素缺失的情况下，通过设计合理的契约进行合作协调，防止物流服务联盟中的道德风险问题，达到帕累托(Pareto)最优。
