保税物流与国际物流都是国际供应链的组成部分，在国际供应链中的企业普遍面临更短交货周期、更低利润空间的压力下，要求保税物流持续降低运作成本，提高反应速度，对通关速度、服务、效率、便利性、弹性等方面提出了更高的要求。目前我国保税物流实际运作中，企业普遍面临以下问题：
1.通关效率低。由于业务量每年增加较快，海关一直处于繁忙状态，通关作业需要等待，加上查验设备、计算机系统、转关手续等问题，导致通关时间过长。
2.物流成本偏高。配送中心、集散中心选择在装运港附近，一般存在租金高、满载率低及配送距离不经济等缺点。
3.第三方面物流发育程度不高，以传统的运输、仓储、报关为主，实现物流管理外包、高附加服务（VMI，JIT等）、物流信息化的企业比例较低。
4.集成服务差。海关、检验检疫、税务、保险等部门较为分散，在处理具体问题时导致企业多头跑，效率低下且费时费力。
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