船舶代理人从事的船舶载运货物的进口代理业务主要有办理单证核对、通知提货、收取到付运费、签发提货单、放重箱和回收空箱等。
1.核对单证
在船舶抵港前，船舶代理人应根据船舶靠港顺序査看是否已收到EDI数据报文，如舱单、船图、运费清单等，是否已收到装船港船舶代理人邮寄的单证。进口货运单证主要有货载清单、运费清单、提单副本、积载图、危险货物清单、重大件货物清单、货物残损单等。
船舶代理人应核对载货清单、提单副本和进口积载图，做到“三单一致”。对进口危险货物，国外装港的代理人在装船以前应将危险货物的名称、性质、类别等内容通知卸货港的代理人，卸货港的代理人联系港方和作业区，经确认可以进行卸货作业后方可装船。危险货物装船后，卸港代理人应根据危险货物清单、集装箱装运危险货物装箱证明书、船图等资料及时填写申报单向海事局申报。
2.通知提货
《中华人民共和国海关法》第24条规定，进口货物的收货人应当自运输工具申报进境之日起14日内向海关申报，进口货物的收货人超过前款规定期限向海关申报的，由海关征收滞报金。货物从船上卸下后，为了保证港口的畅通和正常作业，各港都规定对于超过一定时间仍未提取的货物，港口可以根据需要对货物进行疏港，而疏港产生的费用由提货人承担。各港口堆场和仓库等都规定在一定时间内货物免费堆存，超过这段时间将由收货人支付相应的堆存费。如果超期使用船公司的集装箱，则需要缴纳滞期费。
因此，船舶代理人通常要在货物抵达卸货港时，一般在船舶靠泊开卸前，逐个向提单上记载的通知人发出“到货通知书”。在使用记名提单的情况下，船舶代理人必须向收货人发出通知。这样做的主要目的是避免货物积压在码头堆场、仓库影响港口的正常作业，同时也为收货人提供良好的船舶代理服务。
如果舱单上通知人、收货人联系方式不详，应向装港代理人或船公司查询，查明联系方式后补发到货通知书。若货物卸船后1个月收货人仍未办理提货手续，应再次通知收货人提货，同时告知装港代理人和船公司。对于冷藏货、鲜活货物等特殊货物，因港口无保管条件或不便存放，应随时用电话通知收货人船边提货。
3.收取到付运费
船舶代理人根据船公司的委托或者根据载货运费清单上的记载，在到付运费的情况下，应该收取到付的运费，然后交付货物。
根据船公司的委托、载货运费清单记载的内容或者提单副本等资料，船舶代理人应当在载货船舶抵港卸货前联系货物的收货人或者提单中的通知人，以书面形式通知到付运费的数额、币种、银行账号及货物的相关情况等内容，并随时关注到付运费是否付到。在确认收妥后，才可办理有关签发提单等放货手续。
4.签发提货单
船舶代理人代办签发提货单是一项非常重要的船舶货运代理业务。提货单是收货人或其代理人据以向现场（码头仓库、船边、堆场或货运站）提取货物的凭证。船舶代理人通常除凭正本提单签发提货单外，还存在凭保函签发提货单和在海运单电放情况下签发提货单的情况。除非船公司另有明确的书面指示，船舶代理人应凭正本提单签发提货单。船舶代理人必须对正本提单中有关的船名航次、提单号、装货港和卸货港、货名、件数、包装、标志、重量、体积以及收货人名称等内容是否正确与其他货运单证（主要是载货清单）进行核对。除上述内容正确外，提单还必须正确背书和已收妥到付运费，船舶代理人才能签发提货单。
凭保函签发提货单，“电放”情况下签发提货单时，船舶代理人应得到承运人(委托人）的书面授权。在使用海运单的情况下，船舶代理人应将货物交付给单证中记载的收货人，即提货单中记载的收货人应该与海运单中记载的收货人一致。
5.集装箱管理
船舶代理人通过EDI、传真、电子邮件等从上一停靠港代理人处获得进口资料，如进口箱的箱号、尺寸、箱型、空/重状态、船名、航次、装港、进口卸港日期、箱主或营运人、目的地、箱量等。在船舶到港卸船前，代理人应将上述有关资料传给港方。船公司及上一停靠港代理人要求进口集装箱还至指定地点的，代理人要做好记录。如果船舶所卸集装箱与进口资料不符，应联系船公司或上一停靠港代理人，确认后通知代理人和船公司，并应在集装箱清单或进口舱单上做好更改记录。
在散杂货运输中，收货人取得提货单，办完海关等有关手续并到仓库堆场、装卸作业区等付清有关费用后，就可提取货物。在集装箱运输中，收货人必须凭办完手续的提货单和提箱单申请书，要求船舶代理人发放设备交接单。船舶代理人对提供的资料进行审核，审核无误和提箱人交付用箱押金后，开具设备交接单给提箱人，供其到指定点提箱、返箱和检验交接。提箱人将空箱返还后，船舶代理人再将用箱押金返还给提箱人。
