根据不同的标准，船舶代理人可以有以下不同的分类方法。
1.根据代理关系的时间长短
根据代理关系延续长短分类，船舶代理人可分为长期代理人和航次代理人。船方可按船舶到达港口的频繁程度决定与船舶代理人建立航次代理还是长期代理关系
(1)长期代理
船公司根据船舶营运的需要，在船舶经常前往靠泊的港口选择合适的代理人，通过一次委托长期有效的委托方法，由代理人负责在一段时期内照管到港的属于船公司所有的全部船舶的代理关系形式，称为长期代理关系。
建立长期代理关系可以简化委托与财务往来结算手续。对于委托方，长期代理关系方式下不需要按船逐航次地委托和与船舶代理人订立委托合同，只要船舶到港前将船舶的预到港时间和本航次到港需要办理的事项告知船舶代理人即可。对于长期代理关系方式下的代理人，由于长期代理合同中一般都规定双方间的费用一段时间结算一次，所以不需要每个航次都向委托方索汇备用金。
(2)航次代理
航次代理人是指对不经常来港的船舶，在每次船舶来港前，委托方逐船逐航次委托办理船舶来港的事项的航次代理关系方式下的代理人。
委托方的船舶在挂靠没有建立长期代理关系的港口时，就要根据情况选定航次代理人，并按航次办理委托。航次代理的委托方提出书面委托，经代理人书面确认
之后，代理关系即告建立。
2.根据代理船舶的营运方式
海上运输是随着贸易的发展而发展的，船舶的营运方式也必须与贸易对运输的要求相一致。目前，船舶的营运方式可分为两大类，即班轮运输和不定期船运输。根据代理船舶的营运方式，国际船舶代理人可分为班轮代理人和不定期船代理人。
(1)班轮代理
班轮代理人是由班轮公司在其经营航线上挂靠的港口指定的代理人。班轮代理人与班轮公司一般是长期的代理关系。在我国班轮公司在某一港口，也可能委托多个代理人，一般分航线委托。班轮公司一般委托班轮代理人代办船舶进出港手续、揽货、订舱、藥制有关单证、代签提单和提货单、代收运费等事项。班轮公司在选定班轮代理人时，班轮代理人能承揽的货量是班轮公司考虑选择代理人的一个重要因素。
(2)不定期船代理
不定期船代理是为来港的不定期船办理相关事务。不定期船代理人可以由不定期船的船舶所有人、经营人或承租人等委托。由于代理人通常代委托人照管和办理船舶在港的一切事项，在代理期间，代理人应从被代理人的利益出发办理委托事项。因此在不定期船运输中，各当事方为维护自己的利益都希望自己有权指定装卸港口的代理人。一般运输合同中都会订明由谁指定装卸港口代理人。如果由承租人指定船舶代理人，而船舶所有人要在港口更换船员或要汇笔钱给船长，这时他也要委托代理办理，船舶所有人可以指定承租人指定的船舶代理人为自己的代理人，这时船舶所有人称为第二委托方。为保护自己的利益，此时船舶所有人也可以指定不相同的船舶代理人。
3.根据转委托情况
根据代理权的来源分类，国际船舶代理人可分为本代理人和再代理人。本代理人在实际工作中通常称为总代理人，总代理人一般为在国际上有一定知名度的船舶代理人，一些船舶所有人或者船舶承租人、船舶经营人首先指定其为总代理人或者是某一区域的总代理人，如亚洲区域的总代理人。由于资金受限或国家的政策限制，总代理人不可能在船舶挂靠的各港口都设立船舶代理机构。当船舶挂靠没有设立办事机构的港口时，总代理人将指定一当地的国际船舶代理人为此航次的船舶代理人，此航次船舶代理人称为再代理人，实际工作中再代理人称为分代理人。
4.根据不同委托方
(1)船东代理
船东代理人受船东委托，代船东办理船舶在港期间的有关事项，如办理清关、联系和安排引航、靠泊装卸货物等。此时，租约中通常规定船东指派在装/卸货港口的船舶代理人。
(2)船舶经营人代理
作为租期租家的船舶经营人，根据航次租约的规定，有权在装卸港口指派代理人，该代理人受船舶经营人的委托，为船舶经营人办理船舶在港的有关业务。
(3)租船代理人
根据航次租约的规定，租家有权指定港口代理人，而船东、船舶所有人必须委托由租家指定的代理人作为自己所属船舶在港口的代理人，并支付港口费用。作为租家提名代理人不仅要保护委托方的利益，也要保护租家的利益。
