集装箱堆场的整理工作主要是对场内的箱子进行归位、并位和转位。
归位是指堆场内箱子状况发生变化后，从变化前的箱区，归入状态变更后的指定箱区的作业过程。最常见的是由于该港箱子的目的地或目的港的更改，导致箱区的变化。
并位是指同一堆场箱区内将零星分散的集装箱整理合并在一起的作业过程。集装箱进出码头非常频繁。在频繁的操作后，集装箱的堆放就会显得有些零散，因此要进行并整箱位，以腾出箱位用于接下次的计划。
转位是指同一堆场不同区间，或同一箱区不同箱位之间集装箱整理转移的作业。
集装箱堆场内箱子的归位、并位、转位，主要目的是为了提高堆场的利用率，提高箱区的作业效率、船舶的装卸效率，减少码头作业出差错的可能性，减少翻箱的情况。
(一）出口箱整理
出口船舶开装前，根据船舶已进场集装箱所在的箱区，将箱区中只有少量该船的集装箱集中归并到较多集装箱所在的箱区。比如上航次的一些退关箱，应该将这些集装箱归并到本航次出口的集装箱箱区，方便配载、装船作业，提高效率，避免
少配漏装。
出口船舶开航后，必定有些出口集装箱由于种种原因没转船，比如出口报关不成功、商检没通过、客户已装箱进港但货物不合格还需加工等。对于这些集装箱应及时安排在装卸船作业较空的情况下.进行退关箱等的归并。将同一船名航次的集
装箱分尺寸类型、港口等归并在一起。
(二） 进口箱整理
空箱在进口卸船后，船公司会尽早进行安排，要么中转出口，要么驳箱出场。一般来说，船公司是不可能将空箱在码头堆存比较长的时间，进口后必定会用于中转出口或本地用箱。但也有一些特殊情况，比如发生了一些海损事故，或者空箱在码头发生一些重大事故不得不到保险勘验结束或者共同海损理算结束后，才能作相应安排。这样，就需要对这些空箱按箱主、尺寸类型、堆存状态、进口船名航次等进行分类归并。重箱进卸船后，有些货没有及时拉出港区拆箱并将空箱还给船公司。比如清关出了问题、箱子被海关査验、有关货物的资料不全不让进口、提单没有及时收到、货主找不到了等。这也就导致箱子进口后不久，就一两个集装箱占了一个箱区，所以应该及时归并这些超期箱，集中安排移到堆放集装箱较多的区域.使场地得到高效利用。
(三） 疏港
集装箱堆场是运输过程中的周转性堆场，不能用于中、长期储存。码头为了保证船舶装卸作业的正常进行，保证堆场进场畅通，根据国家关于集装箱疏运的有关规定，往往结合码头实际情况和海关监管的情况，将进口集装箱疏运到港外堆场，实务中简称疏港。
疏港主要分为以下几种情况：
1.废纸、废金属等废品箱，根据口岸的要求对其进行专门管理而进行疏港。
2.超期重箱的疏港。由于堆场的堆场量有限，为了确保码头生产效率，对于港区堆场超过规定时间的进口重箱采取转栈疏港的措施，即将超期堆存的集装箱疏至后方堆棚进行堆存，并收取一定的转栈费用。通过此办法，既缓解了集装箱在港堆存的压力，又对超期提箱的货主采取了一定的惩罚措施，监督其尽早提箱。
3.直卸疏港。为了缓解堆场紧张情况，码头对于一些船舶的卸船采取直接卸箱至后方堆场的方式，即直卸疏港。在实际应用中，直卸疏港的概念是很广的，其中包括集装箱卸下后的转场。
