省际公路客运情况较为复杂、涉及的问题较多、只能作出一些原则规定，具体的管理内容和方法，需要各级运管部门在实践中不断完善。一般来说，管理的内容和方法，大体有以下几个方面：
（一）线路、站点和班次由省级平衡审定
省际客运同样实行"四定一挂"，即定线路、定停靠站点、定班次、定发车时间，挂营运（线路）标志。鉴于省际公路客运，涉及双方实际的经济利益和其他各方面的问题，需要有较高层次的管理机关进行协调平衡，因此一般规定省际客运的线路班次和停靠站点，实行各自逐级上报省级运管部门审定的报批程序。
对超越邻省的跨省线路，如需在邻省途中上下旅客的，应商得邻省运管部门的同意。对于省际毗邻地区短距离跨省线路，经省级运管部门授权，也可由双方地（市）运管部门审定，向省报备。
经批准参运的车辆，不论是对开或单开，均由车籍省的运管部门核发营运标志，但应接受对方省的运管部门的监督、稽查。经营者在批准营运后的30天内不能投入营运者，取消其营运资格。投入营运后因故停运或要求改线者，需经原批准机关审定。
从事省际客运的车辆、必须按批准的线路、站点、准班正点运行，不得任意脱班改点、越站甩客。相关省的运管部门均有权对此进行监督和处理。
（二）营运单位和车辆择优安排。
省际客运一般来说线路较长，道路情况复杂，对营运车辆的车型车容、技术状况和驾驶人员的素质，以及运行保障等条件，应有更高的要求。因此，在省际客运中，既要贯彻多家经营的方针、又要坚持择优安排的原则、对于不具备条件、不能保证安全和准班的经营者，不宜迁就，以保证旅客旅行的安全、及时和舒适。
（三）核定里程、票价和结算方法。
公路营运里程和票价是由省级交通运输主管部门审定的，各省票价不完全相同，同时省际客运一般是由双方客运站相互代办售票配载的。因此，对于每条线路的里程、票价和票款的结算，均应协商审定。
票价的计算，一般有两种方式：一是分段计算，合并收费。即按各自省境内的里程和费率计算出分段的票价，然后相加为全程票价。二是商定一个平均费率，作为全程票价的计费标准。票款结算方式大体有四种：一是互不结算，即双方始发站的票款收入各自人帐，不再结算；二是平衡找差，即按双方始发站的票款实际收入平衡后其差额平均分配；三是固定补差、在客流不对等的情况下，双方始发站收入悬殊，通过测算找出大致差额数据，商定固定补差额度；四是相互结算，按各自参运车辆实际载客收入，扣除站务费用后划转。前两种结算方式都是站运合一的企业所采取的结算方式，好处是避免发生"留客待车"（即故意积留旅客等待自己的车辆配载）的弊端。
除里程的审定外，其他有关票价的计算、票款的结算以及救助、保修、加油等费用的结算等均由双方企业或车站协议商定，运管部门仅负协调和监督之责。
（四）统一管理口径。
考虑到各省客运管理上的某些具体规定不尽相同的实际情况，为使省际客运的从运车辆有所遵循、相关省的运管部门应按上述原则规定，商定一个统一的省际客运管理实施办法，以利于省际客运的顺利进行。例如《华东暨两广片区关于省际客运管理协议》就是一个协调省际客运、统一管理口径的范例。这个片区为了检查协议的执行情况，交流管理经验，解决省际客运中出现的新问题，还建立了例会制度，即由片区内的各省（自治区、直辖市）轮流牵头，定期会商。华东暨两广片区的这些做法，实践证明是成功的，推动了片区内省际客运的健康发展。
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