《中华人民共和国海关保税核查办法》（以下简称“办法”）规定，保税核查是指海关依法对监管期限内的保税加工货物、保税物流货物进行验核查证，检查监督保税加工企业、保税物流企业和海关特殊监管区域、保税监管场所内保税业务经营行为真实性、合法性的行为；而《中华人民共和国海关稽查条例》（以下简称"条例"）规定，海关稽查是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内，对被稽查人的会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料和有关进出口货物进行核查，监督被稽查人进出口活动的真实性和合法性。
单从定义上看，除了检查的范围不同，稽查的范围、稽查的面更广以外，就保税而言，都是对业务经营行为和进出口活动的真实性及合法性进行检查监督。正因为如此，保税核查和企业稽查的工作范围，未能从法规上进行明确界定，职责不清，定位不准，衔接不畅，这是问题形成的关键。纵观“办法”和“条例”，很难区分二者有什么区别，甚至在定义的落脚点“真实性、合法性”上是完全一致的。仅凭“办法”和“条例”，也很难找到区别保税核查和企业稽查的职责功能的准确、明晰的答案。因此，落实到各级海关的具体执行上，不可能不产生矛盾和冲突。海关稽查被等同于一般的保税检查，承担了大量的调查、常规检查职能，牵制了稽查力量。这些混淆保税核查与海关稽查职能的做法，影响了保税核查和海关稽查职能的有效发挥。因此，如果不能从理论上和实务操作中对二者进行明确的界定，势必会对海关整体工作造成不必要的影响，甚至会影响到和谐的关企关系的建立和发展。事实上，二者本质上是有一定区别的。
一、主体不同
保税核查由海关保税监管部门组织实施，实施核查时，出示海关核查证，无论是对保税加工业务核查、保税物流业务核查，还是对海关特殊监管区域、保税监管场所核查，都是其实施保税管理活动的重要组成部分，是保税管理的一种手段、一项措施。海关稽查则由海关稽查部门组织实施，进行稽查时，出示海关稽查证，对保税业务或监管场所实施稽查，是海关保税管理活动的延续，是对海关保税管理活动的补充和完善。
二、对象不同
保税核查的对象可以是所有从事与保税加工业务有关的企业，只要海关保税监管部门认为必要的，就随时可以对保税加工业务、保税物流业务或者对海关特殊监管区域、保税监管场所经营、管理和纳税情况进行核查；而海关稽查的对象重点应该是依据举报或根据年度稽查工作计划确定的稽查重点经科学遴选确定的有涉嫌违法行为的保税企业，或者是需要验证稽查的企业。即便是常规稽查，也是重点突出、目标明确的。如果海关稽查在选案上不进行甄别，那么与保税核查发生重复，甚至是冲突就在所难免了。
三、程序不同
（1）保税核查主要由以下3个环节组成。核查准备：根据需要确定被核查人，编制海关核查工作方案。核查实施：必要时，可以委托中介机构参与保税核查。③核查处理：不符合海关监管要求的，可以采取责令补办相关手续、责令限期改正和责令按照有关规定提供担保等处理方式；有违法、违规行为的，应移交稽查、缉私部门依法处理。
（2）海关稽查由以下4个环节组成。①稽查准备：选查是稽查准备与核查准备的不同所在。②稽查实施：必要时，可以暂时封存其账簿、单证等有关资料，还可以封存有关进出口货物。③稽查处理：可以补征、追征偷逃税款，有违规行为的，依法处理。④强制执行：在海关规定的期限内未按规定补缴税款的，可以采取强制执行的措施，违反海关相关规定的，可以处以一定数额的罚款，直至做出取消其报关资格的处罚。
由于在管理链条中所处的位置和作用不同，可以看出，海关稽查比保税核查更具强制力。
四、目的不同
保税核查是由于保税管理上的需要对保税企业的某一税种、某一纳税事项或某一时点的情况进行检查和审核，而海关稽查除验证稽查外，一般是为打击偷逃税和其他违法犯罪行为，对涉嫌违法的保税企业进行全面、彻底的检查，以震慑犯罪，促进保税企业守法自律，维护海关征管秩序。保税核查基本上属于管理性检查，而海关稽查则属于后续管理和执法性检查双重范畴。事实上，常规稽查、专项稽查和验证稽查也是一种日常性或专门性的海关监督管理活动，不同的是，它属于后续管理的阶段。
五、职能不同
保税核查主要有3项职能。管理职能。保税核查的作用就是为了更好地发挥保税监管的效能，为实施保税管理提供更真实、准确的依据。规范职能。通过实地核查，可以规范企业的进出口管理行为，还可以为企业提供管理咨询。增收职能。通过核查，可以把漏征和少征的税款补征回来。其中，管理职能是保税核查的最主要职能。
海关稽查主要有5项职能。防范职能。开展海关稽查的最主要目的，就是为了防范走私违法行为的发生，它是保税管理的延续、补充和完善。威慑职能。通过对关税和其他违法行为的查发，可以对那些心存侥幸、有潜在违法动机的保税企业起到震慑、警示和教育作用。促管职能。通过稽查可以发现保税监管中的漏洞和薄弱环节，提出加强和改进管理的措施建议，促进保税监管水平的提高。增收职能。海关稽查可以作为堵塞税收漏洞的一道有效防线，追补偷逃税款，减少税收流失。规范职能。通过实地稽查或日常监控，验证企业守法状况或贸易安全情况，动态监控企业进出口活动，规范企业内部管理，促进企业守法自律。其中，防范和威慑职能应该是海关稽查的最主要职能和最基本职能。
六、时间不同
保税核查一般是在手册核销期或海关监管期内，核销后或海关监管期结束后即视为工作结束。
而海关稽查除在保税货物的海关监管期限内开展工作，并作为重点外，如发现偷漏税等违法、违规嫌疑，按照有关法律法规规定在手册核销后或者超过海关监管期限3年内，仍然可以依法检查、追缴税款及做出其他处理。海关稽查的建立，延伸了海关监管的时间和空间。
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