保税仓库起源于19世纪的资本主义国家，进口商在货物进口未作最后处理时，需要将货物存放一段时间，若货物最终准备复出口，将货物存放于保税仓库内则可免缴关税和其他税费；如果货物最终进口内销，将进口货物存放于保税仓库内则可使进口商将纳税时间推迟到货物实际内销为止。当今世界各国普遍建立了保税仓库制度，对保税仓库允许存放货物的时间和范围规定不尽相同。
中国第一批保税仓库于1888年在上海建立，当时主要用于单纯的货物保税存放。到19世纪90年代，保税仓库逐步被用于存放进行简单加工和包装的进口货物。1949年中华人民共和国建立后，保税制度基本停用，保税仓库亦不复存在。1978年实行改革开放方针以后，随着对外经济贸易的迅速发展，保税仓库业务得到恢复和较快发展，并成为促进对外贸易尤其是对外加工贸易和转口贸易的一项有效措施。
1981年为了适应对外经济贸易的发展，便利生产和社会主义现代化建设，根据中华人民共和国暂行海关法第一百三十一条规定“经海关批准暂时进口或者暂时出口的货物，应当在六个月内复运出境或者复运进境；在特殊情况下，经海关同意，可以延期"的精神，海关总署制定公布了《中华人民共和国海关对保税货物和保税仓库监管暂行办法》，该管理办法规定，经营进口保税货物和保税仓库，应由经注册登记准予经营进口业务的单位，向当地海关申请并办理有关手续。经海关审查，符合有关法令规定、具备海关严密监管条件和保证遵守海关规定的独立专用仓库，由海关批准后始得经营。1988年，海关总署又制定公布了《中华人民共和国海关对保税仓库及所存货物的管理办法》规定，保税仓库允许存放的货物范围是：供来料加工、进料加工复出口的货物，及经海关批准缓办纳税手续进境的货物。2003年11月19日，海关总署又根据保税仓库的发展现状和发展趋势，审议通过了修订的《中华人民共和国海关对保税仓库及所存货物的管理规定》，自2004年2月1日起施行。如今全国保税仓库星罗棋布，从而使得保税仓库成为保税制度中应用最广泛的一种形式。
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