“区港联动”区域是享有国家特殊政策的经济区域，实行“封关运作、监管合一、高效透明"的管理模式。为提高通关效率，满足区域内企业快速通关的要求，监管模式实现了四大突破：
（1）“三个一次”的通关模式：一次申报、一次查验、一次放行。“区港联动”通关模式取消了办理转关、监管车辆载货登记本、人工施解封等多项手续和纸质单证流转环节，通过电子关锁、RFID技术等实现物流中心与港口之间“无缝对接”，使货物在“区”与“港”之间快速流动，实现数据一次输入、一次报关、一次审核、一次放行，有效避免了中转时二次报关、二次查验的麻烦。
（2）“三位一体”的监管模式：区域管理、卡口管理、港口管理融为一体，实行航、港、区联动综合管理，达到规范运作和防范风险的目的，促进"区港联动"区域内企业健康发展。
（3）“三个统一”的运作模式：信息流与货物流相统一，通关管理与“区港联动”区仓储联网相统一，关区代码与贸易方式相统一。
（4）“三无合一”的信息共享模式：通过网络技术在“区港联动”区域构建海关、港区、物流园区、贸易企业信息集成平台，实现EDI无纸报关、无人自动卡口放行、无EDI 事后交单。
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