国家为了推进上海国际航运中心洋山深水港区工程这一国家战略项目的实施，实现"区港合一"，2005年6月，国务院首次批复成立了洋山保税港区，该保税港区叠加了目前国内各类特殊监管区的优势政策和功能，成为国内开放度最高、功能最完备、货物跨国境流动障碍最少、享有经济性与便利性最大、与国际惯例最为接轨的政策平台，为探索向自由港发展迈出了重要一步。
自2006年12月洋山保税港区封关运作以来，国务院又先后批复了大连大窑湾保税港区、天津东疆保税港区和海南洋浦保税港区三家保税港区。2006年批准设立的苏州工业园综合保税区，也按照保税港区政策执行，形成了全国保税港区"4＋1"格局。目前，全国共有国家级保税港区14家。可以说，保税港区在我国已经进入全面发展阶段。
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