按支付形态的不同对物流成本进行分类，是以财务会计中发生的费用为基础，首先将物流成本分为企业本身发生的物流费和物流业务外包支付的委托物流费。其中，企业本身发生的物流费又有不同的支付形态，包括材料费、人工费、折旧费、修理费、办公费、差旅费、水电费等。虽然物流成本计算属于管理会计的范畴，但计算物流成本必须以会计核算资料为基础，从基本的费用支付形态出发，逐一提取和分离物流成本信息，这是物流成本计算的难点，同时也是物流成本计算的起点。
财务会计上，费用支付形态多种多样，非常繁杂，鉴于物流成本计算是服务于管理，需要将形式多样的费用支付形态予以抽象和归类，从而可以从大体上了解物流成本的支付形态构成。日本将企业内部物流成本支付形态分为材料费、人工维护费、公益费、一般经费和特别经费五大类。借鉴日本物流成本支付形态分类，结合我国会计核算惯例，将物流成本按支付形态分为材料费、人工费、维护费、一般经费和特别经费。
材料费。材料费是指因物料消耗而发生的费用，具体包括资材费、工具费、.器具费、低值易耗品摊销以及其他物料消耗等。
人工费。人工费是指因人力劳务的消耗而发生的费用，具体包括职工工资、福利奖金、津贴、补贴、住房公积金、职工劳动保护费、人员保险费、按规定提取的福利基金、职工教育培训费等。
维护费。维护费是指土地、建筑物以及各种设施设备等固定资产的使用、运转和维护保养所产生的费用，具体包括折旧费、维护维修费、租赁费、保险费、税金、燃料与动力消耗费等。
一般经费。一般经费是将日本物流成本支付形态中的公益费和一般经费的合并，涵盖各物流功能成本在材料费、人工费和维护费三种支付形态之外反映的所有费用细目，包括办公费、差旅费、会议费、通信费、咨询费、水电费、煤气费以及其他杂费等。
特别经费。特别经费是指与存货有关的物流成本费用支付形态，包括存货占用资金所产生的利息支出、存货保险费和存货风险损失等。日本物流成本的特别经费是指采用不同于财务会计的计算方法所计算出来的物流费用，包括按实际使用年限计算的折旧费和企业内利息。这里，特别经费主要用于反映物流功能成本之外的成本支出，与日本特别经费的含义既有共性也有差异。共性表现在两者均包括存货占用自有资金所产生的机会成本，且这部分内容在特别经费中占有相当比重；差异表现在日本的特别经费中，包含对折旧费按预计使用年限和实际使用年限提取差额的调整，而中国仅将物流功能成本之外的所有与存货有关的费用支出在特别经费中反映。
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