一般进出口货物通关程序由四个环节构成，即进出口申报、配合查验、缴纳税费、提取或装运货物。
(一）进出口申报
申报是指进出口货物收发货人、受委托的报关企业，依照《海关法》以及有关法律、行政法规和规章的要求，在规定的期限、地点，采用电子数据报关单和纸质报关单形式，向海关报告实际进出口货物的情况，并接受海关审核的行为。
进口货物应当由收货人或其代理人在货物的进境地海关申报；出口货物应当由发货人或其代理人在货物的出境地海关申报。经收发货人申请，海关同意，进口货物的收货人或其代理人可以在设有海关的货物指运地、出口货物的发货人或其代理人可以在设有海关的货物启运地申报。以保税、特定减免税和暂准进境申报进口或进境的货物，因为改变使用目的从而改变货物性质为一般进口时，进口货物的收货人或代理人应当在货物所在地的主管海关申报。
进口货物的申报期限为自装载货物的运输工具申报进境之日起14日内。申报期限的最后一天是法定节假日或休息日的，顺延至法定节假日或休息日后的第一个工作日。出口货物的申报期限为货物运抵海关监管区后、装货的24小时以前。经海关批准准予集中申报的进口货物，自装载货物的运输工具申报进境之日起1个月内办理申报手续。经电缆、管道或其他特殊方式进出境的货物，进出口货物收发货人或其代理人应当按照海关的规定定期申报。
进口货物的收货人未按规定期限向海关申报，由海关按规定征收滞报傘。进口货物自装载货物的运输工具申报进境之日起超过3个月未向海关申报的，货物由海关提取依法变卖处理。对属于不宜长期保存的货物，海关可以根据实际情况提前处理。
申报的具体步骤如下：
1.准备申报单证。准备申报的单证是报关员开始进行申报工作的第一步，是整个报关工作能否顺利进行的关键一步。申报单证可以分为主要单证、随附单证两大类，其中随附单证包括基本单证、特殊单证和预备单证。
主要单证就是报关单（证）。报关单（证）是由报关员按照海关规定格式填制的申报单。有关报关单（证）的种类和填制规范详见本章第三节。
基本单证是指进出口货物的货运单据和商业单据，主要有进口提货单据、出口装货单据、商业发票、装箱单等。
特殊单证主要是指进出口许可证件、加工贸易登记手册（包括电子的和纸质的）、特定减免税证明、作为特殊货物进出境证明的原进出口货物报关单证、出口收汇核销单、原产地证明书等。
预备单证主要是指贸易合同、进出口企业的有关证明文件等。这些单证，海关在审单、征税时可能需要调阅或者收取备案。
进出口货物收发货人或其代理人应向报关员提供基本单证、特殊单证、预备单证，报关员审核这些单证后据此填制报关单。
准备申报单证的原则是：基本单证、特殊单证、预备单证必须齐全、有效、合法；报关单填制必须真实、准确、完整；报关单与随附单证数据必须一致。
2.申报前看货取样。进口货物的收货人，在向海关申报前，因确定货物的品名、规格、型号、归类等原因，可以向海关提出查看货物或者提取货样的书面申请。海关审核同意的，派员到场监管。
查看货物或提取货样时，海关开具取样记录和取样清单；提取货样的货物涉及动植物及其产品以及其他依法提供检疫证明的，应当按照国家的有关法律规定，在取得主管部门签发的书面批准证明后提取。提取货样后，到场监管的海关关员与进口货物的收货人在取样记录和取样清单上签字确认。
3.申报
(1)电子数据申报。进出口货物收发货人或其代理人可以选择终端申报方式、委托EDI方式、自行EDI方式、网上申报方式等四种电子申报方式中适用的一种，将报关单内容录人海关电子计算机系统，生成电子数据报关单。
进出口货物收发货人或其代理人在委托录入或自行录人报关单数据的计算机系统上接收到海关发送的“不接受申报”报文后，应当根据报文提示修改报关单内容后重新申报。一旦接收到海关发送的“接受申报”报文和“现场交单”或“放行交单”通知，即表示电子申报成功。
(2)提交纸质报关单及随附单证。海关审结电子数据报关单后，进出口货物收发货人或其代理人应当自接到海关“现场交单”或“放行交单”通知之日起10日内，持打印的纸质报关单，备齐规定的随附单证并签名盖章，到货物所在地海关提交书面单证并办理相关海关手续。
(3)申报日期。申报日期是指申报数据被海关接受的日期。进出口货物收发货人或其代理人的申报数据自被海关接受之日起，其申报的数据就产生法律效力，即进出口货物收发货人或其代理人应当向海关承担“如实申报”、“如期申报”等的法律责任。因此，海关接受申报数据的日期非常重要。
以电子数据报关单方式申报的，申报日期为海关计算机系统接受申报数据时记录的日期，该日期将反馈给原数据发送单位，或公布于海关业务现场，或通过公共信息系统发布。电子数据报关单经过海关计算机系统检査被退回的，视为海关不接受申报，进出口货物收发货人或其代理人应当按照要求修改后重新申报，申报日期为海关接受重新申报的日期。在先采用电子数据报关单申报，后提交纸质报关单申报的情况下，海关接受申报的时间以海关接受电子数据报关单申报的日期为准。
在不使用电子数据报关单只提供纸质报关单申报的情况下，海关关员在报关单上作登记处理的日期为“海关接受申报”的日期。
4.修改申报内容或撤销申报。海关接受申报后，申报内容不得修改，报关单证不得撤销；确有如下正当理由的，收发货人或其代理人向海关提交书面申请，经海关审核批准后，可以进行修改或撤销：
(1)由于计算机、网络系统等方面的原因导致电子数据申报错误的；
(2)海关在办理出口货物的放行手续后，由于配载、装运等原因造成原申报货物部分或全部退关需要修改或撤销报关单证及其内容的；
(3)报关员由于操作或书写失误造成申报差错，但未对国家贸易管制政策的实施、税费征收及统计指标造成危害的；
(4)海关审价、归类审核或专业认定后需对原申报数据进行修改的；.
(5)根据贸易惯例先采用暂时价格成交、实际结算时按商检品质认定或国
际市场实际价格付款方式需要修改原申报数据的。
海关已经决定布控、查验的进出口货物，不得修改报关单内容或撤销报关单证。
企业主动申请报关单修改、撤销的审批，属于海关行政许可，按海关行政许可的程序办理。
(二）配合查验
1.海关查验。海关査验是指海关依法确定进出境货物的性质、价格、数量、原产地、货物状况等是否与报关单上已申报的内容相符，对货物进行实际检査的行政行为。
海关通过查验，进出口货物的收发货人或其代理人应当到场。
(1)査验地点。查验一般在海关监管区内进行。对进出口大宗散货、危险品、鲜活商品、落驳运输的货物，经货物收发货人或其代理人申请，海关也可同意在装卸作业的现场进行查验。在特殊情况下，经货物收发货人或其代理人申请，海关可派员到海关监管区以外的地方査验货物。
(2)查验时间。当海关决定查验时，即将查验的决定以书面通知的形式通知进出口货物收发货人或其代理人，约定查验的时间。查验时间一般约定在海关正常工作时间内。但是在一些进出口业务繁忙的口岸，海关也可应进出口货物收发货人或其代理人的请求，在海关正常工作时间以外安排查验作业。
(3)复验和径行开验。海关认为必要时，可以依法对已经完成查验的货物进行复验，即第二次査验。海关复验时，进出口货物收发货人或其代理人仍然应当到场。
径行开验是指海关在进出口货物收发货人或其代理不在场的情况下，自行开拆货物进行查验。海关行使“径行开验”的权力时，应当通知货物存放场所的管理人员或其他见证人到场，并由其在海关査验记录上签字。
2.配合查验。海关査验货物时，进出口货物收发货人或其代理人应当到场，配合海关査验。配合査验的工作如下：
(1)负责搬移货物，开拆和重封货物的包装。
(2)了解和熟悉所申报货物的情况，回答查验关员的询问，提供海关査验货物时所需要的单证或其他资料。
(3)协助海关提取需要作进一步检验、化验或鉴定的货样，收取海关出具的取样清单。
(4)查验结束后，认真阅读关员填写的“海关进出境货物査验记录单”，注意以下情况的记录是否符合实际：开箱的具体情况、货物残损情况及造成残损的原因、提取货样的情况、査验结论。査验记录准确清楚的，应即签字
确认。
3.货物损坏赔偿。在查验过程中，或者证实海关在径行开验过程中，因为海关关员的责任造成被查验货物损坏的，进出口货物的收发货人或其代理人可以要求海关赔偿。海关赔偿的范围仅限于在实施查验过程中，由于海关关员的责任造成被查验货物损坏的直接经济损失。直接经济损失的金额根据被损坏及其部件的受损程度确定，或者根据修理费确定。
以下情况不属于海关赔偿范围：
(1)进出口货物的收发货人或其代理人搬移、开拆、重封包装或保管不善造成的损失；
(2)易腐、易失效货物在海关正常工作程序所需时间内（含扣留或代管期间）所发生的变质或失效；
(3)海关正常查验时产生的不可避免的磨损；
(4)在海关查验之前已发生的损坏和海关査验之后发生的损坏；
(5)由于不可抗拒的原因造成货物的损坏、损失；
(6)进出口货物的收发货人或其代理人在海关査验时对货物是否受损坏未提出异议，事后发现货物有损坏的，海关不负赔偿的责任。
(三） 缴纳税费
进出口货物收发货人或其代理人将报关单及随附单证提交给货物进出境地指定海关，海关对报关单进行审核，对需要査验的货物先由海关査验，然后核对计算机系统计算的税费，开具税款缴款书和收费票据。进出口货物收发货人或其代理人在规定时间内，持缴款书或收费票据向指定银行办理税费交付手续；在试行中国电子口岸网上缴税和付费的海关，进出口货物收发货人或其代理人可以通过电子口岸接收海关发出的税款缴款书和收费票据，在网上向签有协议的银行进行电子支付税费。一旦收到银行缴款成功的信息，即可报请海关办理货物放行手缤。
(四） 提取或装运货物
1.海关进出境现场放行和货物结关
(1)海关进出境现场放行是指海关接受进出口货物的申报、审核电子数据报关单和纸质报关单及随附单证、查验货物、征免税费或接受担保以后，对进出口货物作出结束海关进出境现场监管决定，允许进出口货物离开海关监管现场的工作环节。
海关进出境现场放行一般由海关在进口货物提货凭证或者出口货物装货凭证上签盖“海关放行章”。进出口货物收发货人或其代理人签收进口提货凭证或者出口装货凭证，凭以提取进口货物或将出口货物装运到运输工具上离境。
在实行“无纸通关”申报方式的海关，海关作出现场放行决定时，通过计算机系统将“海关放行”报文发送给进出口货物收发货人或其代理人和海关监管货物保管人。进出口货物收发货人或其代理人在计算机上自行打印海关通知放行的凭证，凭以提取进口货物或将出口货物装运到运输工具上离境。
(2)货物结关是进出境货物办结海关手续的简称。进出境货物由收发货人或其代理人向海关办理完所有的海关手续，履行了法律规定的与进出口有关的—切义务，就办结了海关手续，海关不再进行监管。
(3)海关进出境现场放行有两种情况：一种情况是货物已经结关，对于一般进出口货物，放行时进出口货物收发货人或其代理人已经办理了所有海关手续，因此海关进出口现场放行即等于结关；另一种情况是，货物尚未结关，对于保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物、部分其他进出境货物，放行时进出境货物的收发货人或其代理人并未全部办完所有的海关手续，海关在一定期限内还需进行后续管理，所以该类货物的海关进出境现场放行不等于结关。
2.提取货物或装运货物。进口货物收货人或其代理人签收海关加盖“海关放行章”戳记的进口提货凭证（提单、运单、提货单等），凭以到货物进境地的港区、机场、车站、邮局等地的海关监管仓库提取进口货物。
出口货物发货人或其代理人签收海关加盖“海关放行章”戳记的出口装货凭证（提单、运单、提货单等），凭以到货物进境地的港区、机场、车站、邮局等地的海关监管仓库办理将货物装运上运输工具运离关境的手续。
3.申请签发报关单证明联。进出口货物收发货人或其代理人，办理完毕提取进口货物或装运出口货物的手续以后，如需要海关签发有关的货物进口、出口证明联的，均可向海关提出申请。常见的证明主要有：
(1)进口付汇证明。对需要在银行或国家外汇管理部门办理进口付汇核销的进口货物，报关员应当向海关申请签发进口货物报关单付汇证明联。海关经审核，对符合条件的，即在进出口货物报关单上签名、加盖海关“验讫章”，作为进口付汇证明联签发给报关员。同时，通过电子口岸执法系统向银行和国家外汇管理部门发送证明联电子数据。
(2)出口收汇证明。对需要在银行或国家外汇管理部门办理出口收汇核销的出口货物，报关员应当向海关申请签发出口货物报关单收汇证明联。海关经审核，对符合条件的，即在出口货物报关单上签名、加盖海关“验讫章”，作为出口收汇证明联签发给报关员。同时，通过电子口岸执法系统向银行和国家外汇管理部门发送证明联电子数据。
(3)出口收汇核销单。对需要办理出口收汇核销的出口货物，报关员还应当在申报时向海关提交由国家外汇管理部门核发的出口收汇核销单。海关放行货物后，由海关关员在出口收汇核销单上签字、加盖海关“单证章”。出口货物发货人凭出口货物报关单收汇证明联和出口收汇核销单办理出口收汇核销手续。
(4)出口退税证明。对需要在国家税务机构办理出口退税的出口货物，报关员应当向海关申请签发出口货物报关单出口退税证明联。海关经审核，对符合条件的，予以签发并在证明联上签名、加盖海关“验讫章”，交给报关员。同时，通过电子口岸执法系统向国家税务机构发送证明联电子数据。
(5)进口货物证明书。对进口汽车、摩托车等，报关员应当向海关申请签发进口货物证明书，进口货物收货人凭以向国家交通管理部门办理汽车、摩托车的牌照申领手续。
海关放行汽车、摩托车后，向报关员签发进口货物证明书。同时，将进口货物证明书上的内容通过计算机系统发送给海关总署，再传输给国家交通管理部门。
