明确了供应链物流成本核算的对象之后，就要按照这个核算对象来设置供应链物流成本会计科目，并对这些科目进一步划分，设置明细科目。然后对其分别设置账簿，选择适当的核算方法进行核算。不同的企业在确定不同的成本核算对象后，会选择不同的物流成本科目设置。
基于前面对于供应链物流成本的划分，我们可以按照如下的方式对供应链物流成本进行会计科目设置。设置“供应链物流成本”为一级科目，在很多企业也按照自营物流成本和委托物流成本来对物流成本进行分类核算。例如，某制造企业核算物流成本的方法如下：为了进行物流成本核算，在会计科目设置时设立了“自营物流成本”和“委托物流成本”两个物流费用核算的一级科目，“自营物流成本”用于核算、记录企业自身从事物流业务所发生的费用，“委托物流费”用以核算企业委托第三方从事物流业务所发生的费用。两个科目属于成本类科目，借方登记企业物流费用的增加，贷方登记计人成本对象的物流成本。两个一级科目下设置的二级、三级科目。
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