系统仿真的过程一般包括以下9个主要步骤。
(1) 问题的定义问题的定义是对研究对象或系统的主旨及核心内容的纲领性描述。
(2) 制订目标和定义系统效能测度在制订目标时，详细说明一些将要用来判定目标是否实现的性能测度是非常必要的，如单位时间搬运量、装卸机械利用率、平均排队时间、平均等待时间等比较常用的系统性能测度。
(3) 描述系统该阶段是将系统各要素量化的关键步骤，对于包装物流系统而言，清楚地定义资源、流动项目（产品、包装、顾客或信息）、路径、流程控制、加工时间、资源故障时间等建模要素是非常必要的。
(4) 列举可能的替代方案当某种方案由于控制因素或数据处理因素而无法完成试验时，可采用备用的替代方案，当然这些备用方案之间存在很大程度上的相似性，至少数据来源以及逻辑起点是一致的。
(5) 收集数据和信息数据和信息收集的目的在于为模型参数输人准备必要的数据；其次，在验证模型阶段，将收集到的实际数据与模型的性能测度数据进行比较，判定所建模型的性能。数据和信息通常可以通过历史记录、参考文献、信息共享以及必要的归纳推理得到。
(6) 建立计算机模型该阶段必须从软件工程的角度选择建模的基本方法，即“自顶而下”还是“自底而上”的系统建模方法的选择。当系统包含要素多，联系复杂，但每一个要素建模较为简单时宜采用“自顶而下”的建模方法；当系统包含要素较少，每一个要素的内涵十分丰富时宜采用“自底而上”的建模方法。
(7) 验证模型验证模型的方法很多，较常用的方法是在仿真低速运行时，观看“模型截面”的推移，直观判断仿真系统的运行状况。另一种验证技术是在模型运行过程中，通过交互命令窗口，显示动态图表来查询资源和流动项目的属性与状态，通过“步进”方式运行模型和动态查看轨迹文件，从而达到验证模型的目的。
(8) 确认模型确认模型是一种抉择，因为现在还没有哪一种确认技术可以对模型的结果做出100%的确定，这是因为人们无法证明模型的行为就是现实的真实行为，因此有必要通过确认，人为判断模型的有效程度。一般情况下，如果一个模型在得到可靠准确的数据之后，其输出达到人们的期望或目标，那么该系统通常是可以信赖的。
(9) 输出分析确认了值得信赖的仿真系统之后，可利用它获得必要的仿真结果，并通过报表、图形和表格输出结果分析，以作为系统决策的依据或主要参考。
