港口物流系统集成的实质是一个港口物流管理的问题，即专业化物流管理人员和技术人员，充分利用港口专业化物流设备、设施，发挥专业化物流运作的管理经验，以取得整体最佳的效果。港口物流集成的形式是一个物流网络，实现港口物流网络首先要有一批优秀港口物流企业率先与生产企业结成共享市场的同盟，把过去那种直接分享利润的“联合经营”发展成“优势联盟”，共享市场，进而分享更大份额的利润；同时，优秀港口物流企业要与中小型港口物流企业结成市场开拓的同盟，利用相对稳定和完整的营销体系，帮助生产企业开拓销售市场。这样，竞争对手成了同盟军，港口物流网络就成为一个生产企业和港口物流企业多方位、纵横交叉、互相渗透的协作有机体。
港口物流系统集成是受到许多诸如社会、科学、技术等因素的影响而发展起来的。这些因素可以归为两大类：外部动因和内部动因。
外部动因主要是经济全球化和区域经济集成两方面。经济全球化使得港口物流系统集成趋势越来越强，使企业与企业之间可以借助信息的共享，进行更好的分工与合作。区域经济集成是指“特定区域内的国家或地区通过达成经济合作的某种承诺或者组建一定形式的经济合作组织，谋求区域内商品流通和要素流动的自由化以及生产分工的最优化，直至形成各国经济政策和区域经济体制某种程度的统一”。而作为“第三利润源”的物流业，必然受其影响。
内部动因主要是港口物流业自身发展的要求。首先，无论哪个区域范围，都存在着港口资源分布相对不平衡的现象，这些不平衡的资源分配给港口的进一步发展造成了很大的阻力，必须对其进行整合，推进港口物流集成的发展，才可以缓解这种阻力。其次，港口物流集成是港口物流业本身的发展趋势。经济全球化和集成的加深，要求港口物流向社会化、合理化、系统化、科学化的方向发展，改变各自为政、自成一统、管理分散的局面，制定整体规划，建立港口与港口、港口与航运企业集成的全方位集成体系。最后，对各自利益最大化的追求也是港口物流集成的内部动因。港口物流企业进人集成系统中，最根本的目的是实现利益目标，而在目前的国际和经济环境中靠单打独斗已经不能获得最大的利益，因此在利益的驱动下，港口物流企业需要建立集成的运作模式以促进自身的进一步发展。
